Βιογραφία
Έλαβε τη βασική μόρφωση στο χωριό του και τη Λάρισα όπου και χειροτονήθηκε διάκονος το 1802 λαμβάνοντας το όνομα Θεόκλητος. Στη συνέχεια μετέβη στην Κωνσταντινούπολη όπου βρισκόταν κάποιος θείος του Μητροπολίτης και φοίτησε στη Μεγάλη του Γένους Σχολή (1804 – 1806).Ο καθηγητής Δημήτριος Μπαλάνος σημειώνει : "Αλλ' ο Φαρμακιδης δεν απεκόμισεν αγαθές εντυπώσεις εκ Κωνσταντινουπόλεως τόσον λόγω του πολυτάραχου και εκλύτου βίου της μεγαλουπόλεως, όσον και λόγω του αυταρχικού πνεύματος, όπερ διέγνωσεν επικρατών εν τοις πατριαρχείοις". Συνέχισε τις σπουδές του στη Σχολή των Κυδωνιών και στην Ακαδημία του Ιασίου (1806 – 1811). Αφού παρέμεινε για ελάχιστο χρονικό διάστημα στο Βουκουρέστι όπου χειροτονήθηκε πρεσβύτερος, διορίστηκε τον ίδιο χρόνο εφημέριος του Ι. Ναού Αγίου Γεωργίου της ελληνικής παροικίας στη Βιέννη (1811 μέχρι το 1818) συμπληρώνοντας τη φιλολογική του μόρφωση μαθαίνοντας λατινικά, γαλλικά και γερμανικά όπου και μετέφρασε τη τετράτομη εγκυκλοπαίδεια του Γιακόμπς.Μετά τον ιδρυτή Άνθιμο Γαζή από το 1816 έως το 1818 σε συνεργασία μαζί με τον Κωνσταντίνο Κοκκινάκη συνέχισαν την έκδοση του περιοδικού "Λόγιος Ερμής", το οποίο υπήρξε βασικό δημοσιογραφικό όργανο της παράταξης του Αδαμάντιου Κοραή. Συμμετείχε ως μέλος στη Φιλική Εταιρεία. Ο ευεργέτης του, φιλέλληνας λόρδος Γκίλφορντ, του εξασφάλισε τις δαπάνες των σπουδών του στο πανεπιστήμιο του Γκαίττινγκεν (Γοττίγκη) στη Γερμανία το 1819.
Με την κήρυξη της Ελληνικής Επανάστασης, τον Μάιο του 1821, μετέβη στην ηπειρωτική Ελλάδα, από εκεί στις Σπέτσες, στη συνέχεια στο στρατόπεδο των Βερβαίνων όπου τελικά και εντάχθηκε στο επιτελείο του πρίγκιπα Δημήτριου Υψηλάντη. Τον Αύγουστο του 1821 βρίσκεται στην Καλαμάτα όπου και εκδίδει την πρώτη ελληνική εφημερίδα που κυκλοφόρησε σε ελλαδικό έδαφος, χειρόγραφη με τον τίτλο "Ελληνική Σάλπιγξ". Διέκοψε την έκδοσή της εξ αιτίας της διαφωνίας του με τη λογοκρισία που επεχείρησε να επιβάλλει ο Υψηλάντης.
Έλαβε μέρος στις δύο πρώτες Εθνοσυνελεύσεις, διορίστηκε μέλος του Αρείου Πάγου Ανατολικής Ελλάδος, Έφορος της Παιδείας και της Ηθικής Ανατροφής των Παίδων (5 Ιουλίου 1823) και δίδαξε το διάστημα 1823 – 1825 στην Ιόνιο Ακαδημία της Κέρκυρας. Στα 1825 διορίστηκε από την κυβέρνηση αρχισυντάκτης της "Γενικής Εφημερίδος της Ελλάδος" της μετέπειτα "Εφημερίδος της Κυβερνήσεως". Παραιτήθηκε από αυτή τη θέση το 1827 αντιδρώντας έτσι στις κατηγορίες που του απέδιδαν.
Όντας υποστηρικτής του "Αγγλικού κόμματος" του Μαυροκορδάτου διαφώνησε εξ αρχής με τον Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, τον οποίο θεωρούσε όργανο της ρωσικής πολιτικής. Η κυβερνητική λογοκρισία ανακάλυψε επιστολή του με επικριτικό περιεχόμενο για το πρόσωπο του Κυβερνήτη και για αυτό το λόγο δικάστηκε και φυλακίστηκε. Έπειτα πέρασε στην Ύδρα όπου ενώθηκε με την αντικαποδιστριακή παράταξη. Μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια, το 1832, διορίστηκε έφορος του εν Αιγίνη Γενικού και Προκαταρκτικού Σχολείου (14 Απριλίου 1832).
Με την έλευση του ανήλικου Βασιλέα Όθωνα χρησιμοποιήθηκε από τον αντιβασιλέα Μάουρερ ως βασικός σύμβουλός του σε εκκλησιαστικά ζητήματα. Με ενέργειες του Φαρμακίδη στις 23 Ιουλίου 1832 εξεδόθη Βασιλικό Διάταγμα για την κήρυξη του αυτοκεφάλου της ελλαδικής εκκλησίας και την ανεξαρτησία της από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Βασικό επιχείρημα του ήταν ότι δεν μπορούσε το ελεύθερο ελληνικό κράτος να εξαρτά την εκκλησιαστική του διοίκηση από έναν Πατριάρχη δέσμιο του Τούρκου Σουλτάνου. Οι συντηρητικοί εκκλησιαστικοί κύκλοι, που ανήκαν στο "ρωσικό κόμμα" (το οποίο υποστήριζε το ενιαίο εκκλησιαστικό κέντρο, επί τη βάσει των πανσλαβιστικών σχεδίων της Ρωσικής Αυτοκρατορίας) εξεμάνησαν εναντίον του ασκώντας του εντονότατη πολεμική για πάνω από δύο δεκαετίες. Επικεφαλής αυτών των κύκλων υπήρξε ο κληρικός Κωνσταντίνος Οικονόμος ο εξ Οικονόμων, έμμισθος σύμβουλος των Ρώσων και κύρια όργανά του η εφημερίδα "Αιών" και το περιοδικό "Ευαγγελική Σάλπιγξ".
Υπήρξε στενός φίλος του έτερου μεγάλου διαφωτιστή Θεόφιλου Καΐρη και μετέβη πολλών προσπαθειών προκειμένου να τον μετακινήσει από τις ύστερες θεοσοφιστικές πεποιθήσεις του. Ως γραμματέας της Συνόδου πρότεινε, προκειμένου να σώσει τον Καΐρη, να του επιτραπεί η έξοδος από την Ελλάδα, ώστε να σταματήση η υπόθεση εκεί και να λυθή το ζήτημα.
Είχε την άποψη ότι η Αγία Γραφή έπρεπε να μεταγλωττιστεί στην απλοελληνική ώστε να γίνεται κατανοητή από τα ευρύτερα λαϊκά στρώματα, θέση που του κόστισε νέα πολεμική από τους ίδιους συντηρητικούς κύκλους. Συνδέθηκε φιλικά με τον Ιωνά Κιγκ.
Το 1833 διορίστηκε Γραμματέας της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας του Βασιλείου της Ελλάδος (όπως ονομαζόταν τότε η Εκκλησία της Ελλάδος) και το 1837 του δόθηκε η θέση του τακτικού καθηγητή Θεολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο οποίο όμως δεν δίδαξε ποτέ. Αργότερα διορίστηκε καθηγητής στη Φιλοσοφική Σχολή.
Όταν στις 29 Ιουνίου 1850 το Οικουμενικό Πατριαρχείο εξέδωσε Τόμο ανακήρυξης του αυτοκεφάλου της Εκκλησίας της Ελλάδος, ο Φαρμακίδης, θεωρώντας τους όρους του Τόμου αντικανονικούς και περιοριστικούς για την άσκηση ελεύθερης διοίκησης, εξέδωσε ως "Αντιτόμο" το σύγγραμμα "Ο Συνοδικός Τόμος ή περί αληθείας" (23 Απριλίου 1852) με τις θέσεις του, έργο που επηρέασε καταλυτικά την όλη νομολογία και πρακτική του ελληνικού κράτους έναντι της Εκκλησίας και το εσωτερικό τυπικό της. Σε αυτό υποστήριζε ότι: "κατεφρονήθη η Ελλάς, περιεπαίχθη, εξυβρίσθη, εξηυτελίσθη παρά ξένης Εκκλησιαστικής Αρχής, υπό τον Σουλτάνον των Οθωμανών τελούσης και κατά τας διαταγάς αυτού ενεργούσης".
Στην προσπάθειά του να αναβιώσει την αρχαία παράδοση των Πατέρων της Εκκλησίας, για μια Βιβλική θεολογία, προέβη στην επανέκδοση (1842 - 1843) των Σχολίων του ερανιστού των Πατέρων Οικουμενίου (10ος αιώνας), στην Καινή Διαθήκη.
Κατά τη διάρκεια του Κριμαϊκού πολέμου, φοβούμενος τη ρωσική επεκτατικότητα τον κίνδυνο του πανσλαβισμού, τις γεωπολιτικές βλέψεις και τα μακραίωνα συμφέροντα της Ρωσίας στα Βαλκάνια, υιοθέτησε ουδετερόφιλη στάση.
Υπήρξε πιστός υπερασπιστής των ιδεών του νεοελληνικού διαφωτισμού, που είχε ως βασικό εκφραστή τον Κοραή και ιδιαίτερα ταπεινός στο φρόνημα, ώστε και όταν ακόμη του προσφέρθηκε ο "Μεγαλόσταυρος του Σωτήρος" ως αναγνώριση των υπηρεσιών του στο έθνος δεν απεδέχθη την τιμή.
Πέθανε σε πλήρη ένδεια στην Αθήνα το 1860.
Συγγραφικό έργο
- "Περί Ζαχαρίου υιού Βαραχίου". Αθήναι 1838
- "Ο ψευδώνυμος Γερμανός". Αθήναι 1838
- "Απολογία". Αθήναι 1840
- "Η Καινή Διαθήκη μετά Υπομνημάτων αρχαίων". Αθήναι 1842 - 1845 (Διαθέσιμο εδώ, στον ιστότοπο της Ψηφιακής Βιβλιοθήκης Νεοελληνικών Σπουδών της βιβλιοθήκης του Πανεπιστημίου Κρήτης.)
- "Στοιχεία ελληνικής γλώσσης". Αθήναι 1815 (Διαθέσιμο εδώ, στον ιστότοπο της Ψηφιακής Βιβλιοθήκης Νεοελληνικών Σπουδών της βιβλιοθήκης του Πανεπιστημίου Κρήτης.)
- "Χρηστομάθεια ελληνική". Αθήναι
- "Ο Συνοδικός Τόμος ή περί αληθείας". Αθήναι 1852 (Διαθέσιμο εδώ, στον ιστότοπο της Ψηφιακής Βιβλιοθήκης Νεοελληνικών Σπουδών της βιβλιοθήκης του Πανεπιστημίου Κρήτης.)
- Απολογία Θ. Φαρμακίδου