Μετά την αποτυχία του σχεδίου Κορωνίς η κυβέρνηση της Αθήνας προχώρησε σε σημαντικές ανακατατάξεις στην ηγεσία των Ενόπλων Δυνάμεων. Τον Οκτώβριο του 1948 προτάθηκε στον Αλέξανδρο Παπάγο η θέση του Αρχιστράτηγου και αφού έγιναν δεκτοί οι όροι του ανέλαβε επίσημα στις 11 Ιανουαρίου 1949. Η νέα ηγεσία του κυβερνητικού στρατού κατάστρωσε νέο σχέδιο με στόχο την οριστική συντριβή του ΔΣΕ. Το πρώτο μέρος του σχεδίου αφορούσε την εκκαθάριση της Πελοποννήσου και ονομάστηκε σχέδιο «Περιστέρα». Το σχέδιο Περιστέρα τέθηκε σε εφαρμογή στα μέσα Δεκεμβρίου του 1948 και ολοκληρώθηκε με επιτυχία μέχρι τις αρχές Μαρτίου του 1949. Σημαντικότερη υπήρξε η επιχείρηση εκκαθάρισης των αντάρτικων ομάδων του Πάρνωνα που ήταν από τις ισχυρότερες που δρούσαν στην Πελοπόννησο. Καθοριστικές νικηφόρες μάχες εναντίον τους δόθηκαν στο Λεωνίδιο και στον Άγιο Βασίλειο στις 20 και 22 Ιανουαρίου.
Στο ίδιο διάστημα ο ΔΣΕ είχε αναλάβει επιθετικές επιχειρήσεις με στόχο την κατάληψη πόλεων που θα του εξασφάλιζαν εφόδια και νέες στρατολογίες. Πετυχημένες υπήρξαν οι επιθέσεις του Δημοκρατικού Στρατού στη Νάουσα (12 Ιανουαρίου) και στο Καρπενήσι (20 Ιανουαρίου-7 Φεβρουαρίου), ενώ απέτυχε η επίθεση εναντίον της Φλώρινας (11-14 Φεβρουαρίου). Στο ίδιο διάστημα προχώρησε και στην ανακατάληψη του Γράμμου. Τον Απρίλιο του 1949 ανασχηματίστηκε η Προσωρινή Δημοκρατική Κυβέρνηση επικεφαλής της οποίας τέθηκε ο Μήτσος Παρτσαλίδης. Είχε προηγηθεί ήδη από τα τέλη του προηγούμενου χρόνου η ρήξη Ζαχαριάδη – Βαφειάδη που έθεσε τον τελευταίο εκτός της κυβέρνησης.
Στις αρχές της άνοιξης ο κυβερνητικός στρατός έθεσε σε εφαρμογή το σχέδιο Πύραυλος με σκοπό την εκκαθάριση της Στερεάς Ελλάδας και της νότιας Θεσσαλίας. Το σχέδιο ολοκληρώθηκε με επιτυχία στις αρχές του καλοκαιριού. Στο διάστημα αυτό, στις 24 Ιουνίου 1949 πέθανε ο πρωθυπουργός της Ελλάδας Θεμιστοκλής Σοφούλης σε ηλικία 89 ετών. Αντικαταστάτης του ορίστηκε ο μέχρι τότε αντιπρόεδρος του υπουργικού συμβουλίου Αλέξανδρος Διομήδης. Λίγες ημέρες μετά, στις 11 Ιουλίου 1949, έλαβε χώρα η απόφαση του Τίτο για κλείσιμο των ελληνο-γιουγκοσλαβικών συνόρων. Η απόφαση αυτή υπήρξε καθοριστική για την εξέλιξη του εμφυλίου και επιτάχυνε την ήττα του ΔΣΕ.
Στις 10 Ιουλίου 1949, ημέρα κατά την οποία ο Τίτο απέρριψε με οργή τις κατηγορίες του ΚΚΕ ότι η κυβέρνηση της Γιουγκοσλαβίας συνεργάζονταν με την Ελληνική Κυβέρνηση και έκλεισε τα γιουγκοσλαβικά σύνορα με την Ελλάδα, ο Ραδιοσταθμός του Βελιγραδίου ανακοίνωσε πρόσκληση προς «όλους τους Μακεδόνες που δεν είχαν ελεύθερη πατρίδα» να καταφύγουν στη Λαϊκή Δημοκρατία της Μακεδονίας. Η ρήξη αυτή διέσπασε και τους Σλαβομακεδόνες κομμουνιστές, πολλοί από τους οποίους αρνήθηκαν να καταδικάσουν την τιτοϊκή Γιουγκοσλαβία και διεχώρισαν τη θέση τους από αυτήν του ΚΚΕ. Πολλοί μαχητές και πολλά στελέχη εγκατέλειψαν το Βίτσι και πέρασαν στη Λαϊκή Δημοκρατία της Μακεδονίας.
Τον Αύγουστο του ίδιου έτους τέθηκε σε εφαρμογή το σχέδιο Πυρσός με στόχο τις θέσεις του ΔΣΕ στον Γράμμο και στο Βίτσι. Η πρώτη φάση του σχεδίου που ονομάστηκε Πυρσός Α΄ ξεκίνησε στο Γράμμο, τη νύχτα 2 προς 3 Αυγούστου. Η επιχείρηση αυτή, που διήρκεσε μέχρι τις 8 Αυγούστου, ήταν παραπλανητικού χαρακτήρα, καθώς κύριος στόχος ήταν οι θέσεις των ανταρτών στο Βίτσι.
Η κύρια επιχείρηση προς το Βίτσι ξεκίνησε στις 10 Αυγούστου και έφερε την ονομασία Πυρσός Β΄. Ο κυβερνητικός στρατός, που υπερίσχυε σε αριθμητικές δυνάμεις και πολεμικό εξοπλισμό και διέθετε αεροπορική υποστήριξη, κατόρθωσε μέχρι τις 16 Αυγούστου να εκκαθαρίσει πλήρως το Βίτσι. Ο κύριος όγκος των Ανταρτών του Βιτσίου διέφυγε προς τον Γράμμο, όπου διεξήχθη η τελική φάση της επιχείρησης Πυρσός με την ονομασία Πυρσός Γ΄. Η επίθεση του Εθνικού Στρατού εξαπολύθηκε στον Γράμμο στις 25 Αυγούστου. Έπειτα από σφοδρό βομβαρδισμό, στον οποίο χρησιμοποιήθηκαν ακόμα και οι εμπρηστικές βόμβες Ναπάλμ, η άμυνα των ανταρτών κάμφθηκε και στις 29 Αυγούστου ο ΔΣΕ εγκατέλειψε τον Γράμμο και διέφυγε προς την Αλβανία. Με την κατάληψη του Κάμενιτς στις 30 Αυγούστου έληξε το πολεμικό σκέλος του Εμφυλίου.
Το πρωί της 17ης Οκτωβρίου του 1949, η εξόριστη πλέον «Προσωρινή Δημοκρατική Κυβέρνηση» των ανταρτών έδωσε τέλος στις εχθροπραξίες με διάγγελμα που μεταδόθηκε από ραδιοσταθμό του Βουκουρεστίου. Στο διάγγελμα αυτό, μεταξύ άλλων, αναφέρονται και τα εξής:
Δείτε εδώ ένα ντοκιμαντέρ για τον εμφύλιο πόλεμο.Ο ΔΣΕ δεν κατέθεσε τα όπλα, μονάχα τα έθεσε παρά πόδα. Υποχώρησε μπροστά στην τεράστια υλική υπεροχή που συγκέντρωσαν οι ξένοι καταχτητές ενισχυμένοι απ' την τιτοϊκή αποστασία και προδοσία που τον χτύπησε πισώπλατα. Μα ο ΔΣΕ δεν λύγισε και δεν συντρίφτηκε. Παραμένει ισχυρός με ακέραιες τις δυνάμεις του.Σταμάτησε την αιματοχυσία για να σώσει την Ελλάδα από την ολοκληρωτική εκμηδένιση και τα συμφέροντα του τόπου τα έβαλε πάνω απ' όλα. Οι δυνάμεις μας στο Βίτσι και το Γράμμο σταμάτησαν τον πόλεμο για να διευκολύνουν την ειρήνευση στην Ελλάδα. Αυτό δεν σημαίνει συνθηκολόγηση. Σημαίνει απόλυτη προσήλωση στο συμφέρον της πατρίδας, που δε θέλαμε να δούμε ολοκληρωτικά κατεστραμμένη.
Περισσότερα θέματα για τον εμφύλιο πόλεμο εδώ.