Όπως φάνηκε από τις πρώτες εβδομάδες που ακολούθησαν την έλευση του Καποδίστρια, βασικός του στόχος υπήρξε η δημιουργία ενός ισχυρού κρατικού μηχανισμού. Η διοργάνωση αποτελεσματικής διοίκησης θα βοηθούσε την ανόρθωση της οικονομίας που είχε πληγεί από τις μακροχρόνιες πολεμικές επιχειρήσεις. Οι πόροι από τη φορολογία και τα εξωτερικά δάνεια θα τύγχαναν ορθολογικής διαχείρισης και δε θα χρησιμοποιούνταν για τον προσεταιρισμό πολιτικών συμμάχων από τις κάθε φορά πολιτικά κυρίαρχες φατρίες. Παράλληλα, μια συγκεντρωτική και κυρίαρχη εκτελεστική εξουσία θα προωθούσε αποτελεσματικότερα τις διεκδικήσεις της ελληνικής πλευράς τόσο στο ζήτημα των συνόρων όσο και της μορφής (ανεξαρτησία αντί αυτονομίας) του μελλοντικού ελληνικού κράτους.
Για να τα πετύχει αυτά ο Καποδίστριας διεκδίκησε και πέτυχε τη συγκέντρωση της εκτελεστικής και της νομοθετικής εξουσίας στο πρόσωπό του. Παράλληλα αποστασιοποιήθηκε, στην αρχή τουλάχιστον, από τις διάφορες φατρίες, ο πολιτικός ανταγωνισμός των οποίων είχε αποδιοργανώσει τα όργανα και τις λειτουργίες της κεντρικής διοίκησης. Οι αλλαγές που επιχείρησε στην οργάνωση και στη λειτουργία της επαρχιακής διοίκησης ήταν η πρώτη συστηματική παρέμβαση στην κατέυθυνση της δημιουργίας ενός σύγχρονου κράτους. Πρωταρχική του μέριμνα υπήρξε η κατάργηση της επαρχιακής αυτονομίας, από την οποία αντλούσαν την οικονομική τους δύναμη και την κοινωνικοπολιτική τους ισχύ οι παραδοσιακές αλλά και οι νεοπαγείς εξουσιαστικές ομάδες της ελληνικής κοινωνίας. Ο αριθμός των επαρχιών μειώθηκε, ενώ τα όργανα της επαρχιακής διοίκησης και τα πρόσωπα που τα στελέχωναν υπάχθηκαν στον έλεγχο της κεντρικής εξουσίας. Τα μέτρα αυτά που περιλαμβάνονται στις αιτίες της ρήξης του Καποδίστρια με τις ηγετικές ομάδες της ελληνικής κοινωνίας υπήρξαν, τουλάχιστον στις βασικές τους γραμμές, παρόμοια με εκείνα που υιοθετήθηκαν από την Αντιβασιλεία και τον Όθωνα μερικά χρόνια αργότερα.
Απαραίτητη προϋπόθεση για τη συγκρότηση σύγχρονου κράτους ήταν η δημιουργία στρατού ελεγχόμενου από την κεντρική διοίκηση. Η αναδιοργάνωση των άτακτων σωμάτων της επαναστατικής περιόδου σε ημιτακτικούς σχηματισμούς προχώρησε παρά τις αντιδράσεις. Αυτές προέρχονταν από τους χώρους των ενόπλων που είχαν δει την οικονομική και πολιτική ισχύ τους να αυξάνεται στα χρόνια της επανάστασης. Τα ένοπλα σώματα οργανώθηκαν αρχικά σε Χιλιαρχίες και κατόπιν αναδιοργανώθηκαν σε Ελαφρά Τάγματα. Και στις δύο φάσεις περιορίστηκε δραστικά (στο 1/4 περίπου) ο αριθμός των ενόπλων και αποστρατεύτηκαν αρκετοί επιφανείς οπλαρχηγοί. Στον τομέα της οικονομίας, εμπόδιο στάθηκε η μη χορήγηση εξωτερικού δανείου. Έτσι, η ανασύνταξη της οικονομίας δεν επιτεύχθηκε, καθώς οι πενιχροί εγχώριοι πόροι δε στάθηκε δυνατό να στηρίξουν το φιλόδοξο πρόγραμμα του Kαποδίστρια. Σημαντική ωστόσο υπήρξε η καταπολέμηση της πειρατείας, γεγονός που απελευθέρωσε τους θαλάσσιους δρόμους και έκανε δυνατή την επαναδραστηριοποίηση του εμπορίου και της ναυτιλίας.
Κατά την πενταετία 1823-27 οι διάφορες πολιτικές ομάδες και φατρίες είχαν επιδοθεί σ' έναν ατέρμονο πολιτικό ανταγωνισμό, ο οποίος έπαιρνε κάποτε και τη μορφή της ένοπλης σύγκρουσης. Το κατακερματισμένο πολιτικό πεδίο και ο συγκυριακός χαρακτήρας των πολιτικών συμμαχιών δεν επέτρεπαν στους εκάστοτε νικητές να επιβάλουν την κυριαρχία τους με όρους σταθερότητας. Η πολιτική ρευστότητα ευνοούσε τις αλλεπάλληλες ανατροπές των συσχετισμών δύναμης. Εκτός των άλλων η κατάσταση αυτή έπληττε τη διαπραγματευτική ικανότητα της ελληνικής πλευράς σε μια εποχή (1827) που η Αγγλία και η Ρωσία φαίνονταν να αναζητούν, καθεμιά για τους δικούς της λόγους, μια ευνοϊκή ρύθμιση για τους επαναστατημένους Έλληνες. Στις συνθήκες αυτές η ομόφωνη επιλογή του Καποδίστρια ως Κυβερνήτη στη διάρκεια των εργασιών της Γ' Εθνοσυνέλευσης είχε να κάνει με την εμπειρία του ως διπλωμάτη. Η θητεία του στην κορυφή του ρωσικού Υπουργείου Εξωτερικών, και μάλιστα σε μια εποχή (1815-22) που η "τέχνη της διπλωματίας" έφτασε σε υψηλά επίπεδα, φανέρωνε ότι διέθετε τα προσόντα για να διεκπεραιώσει με επιτυχία τους σύνθετους και λεπτούς διπλωματικούς χειρισμούς που απαιτούσε η προώθηση των ελληνικών διεκδικήσεων. Οι πολιτικές ομάδες και φατρίες που τον επέλεξαν είχαν ανάγκη από το διπλωμάτη Καποδίστρια. Έτσι, κατά τη διαμόρφωση του συντάγματος της Τροιζήνας φρόντισαν, ώστε το έργο του Κυβερνήτη να υπόκειται στον έλεγχο της Βουλής, η οποία με τη σειρά της ελεγχόταν από τους ίδιους.
Χρησιμοποιώντας το κύρος και τη φήμη που τον περιέβαλαν και αιφνιδιάζοντας ίσως τις πολιτικές ομάδες και φατρίες, ο Καποδίστριας πέτυχε από τις πρώτες εβδομάδες την αναστολή του συντάγματος, την αυτοδιάλυση της Βουλής και τη συγκέντρωση όλης της εξουσίας στο πρόσωπο του Κυβερνήτη. Πέτυχε δηλαδή να περιθωριοποιήσει όλους τους πολιτικούς παράγοντες, τοποθετώντας τους συνήθως σε θέσεις με συμβουλευτικό χαρακτήρα. Ταυτόχρονα, προώθησε ανθρώπους της εμπιστοσύνης του, ορισμένους συγγενείς και πρόσωπα επτανησιακής και μάλιστα κερκυραϊκής καταγωγής. Ωστόσο, η πραγματική εξουδετέρωση των πολιτικών παραγόντων δε θα πραγματοποιούνταν, αν δεν πλήττονταν οι αιτίες τις πολιτικής τους ενδυνάμωσης. Στην κατεύθυνση αυτή προχώρησε σε μια ευρεία διοικητική ανασυγκρότηση καταργώντας τα προνόμια και την αυτοδιοίκηση των επαρχιών και θέτοντας τα όργανα της επαρχιακής διοίκησης υπό τον έλεγχο της κεντρικής εξουσίας. Τέθηκαν έτσι οι βάσεις για τη συγκρότηση ενός ισχυρού συγκεντρωτικού κρατικού μηχανισμού, κατά τα πρότυπα των σύγχρονων δυτικών κρατών. Η πολιτική του ωστόσο προκάλεσε τη δυσαρέσκεια των προεπαναστατικών (μοραΐτες και νησιώτες προύχοντες, οπλαρχηγοί) και των νεοπαγών (Κωλέττης, Μαυροκορδάτος) πολιτικών παραγόντων που σταδιακά συσπειρώθηκαν με στόχο την ανατροπή της.
Περισσότερα ιστορικά αφιερώματα εδώ.