Ο κατά κόσμον Αναστάσιος Αντωνιάδης γεννήθηκε το 1864 στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας, σπούδασε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης και εκάρη μοναχός με το όνομα Γρηγόριος. Από το 1891 εργάστηκε ως ιεροκήρυκας, χρησιμοποιώντας μάλιστα τη δημοτική γλώσσα στο κήρυγμα του. Κατά την περίοδο του Μακεδονικού Αγώνα αγωνίστηκε με ζήλο και συνεργάστηκε στενά με τον μητροπολίτη Δράμας Χρυσόστομο για την υπεράσπιση των εθνικών δικαίων.
Υπήρξε μάχιμος αγωνιστής εναντίον του Βουλγαρικού Κομιτάτου, μέλη του οποίου προσπάθησαν πολλές φορές να τον δολοφονήσουν. Εξαιτίας της έντονης εθνικής του δράσης η τουρκική κυβέρνηση ανάγκασε το Πατριαρχείο τον Ιούνιο του 1908 να τον τοποθετήσει στη νεοσύστατη μητρόπολη Κυδωνιών.
Το 1918 κατηγορήθηκε από τους Τούρκους για εσχάτη προδοσία, καταδικάστηκε και φυλακίστηκε. Ωστόσο, μετά την αποφυλάκιση του και την κατάληψη των Κυδωνιών από τα ελληνικά στρατεύματα, ο Γρηγόριος παρέμεινε στην επαρχία του.
Μετά την αποχώρηση των ελληνικών στρατευμάτων από τις Κυδωνιές, η εισήγηση του για ασφαλή απομάκρυνση των κατοίκων προς τη Μυτιλήνη δυστυχώς δεν έγινε δεκτή. Έτσι στις 22 Αυγούστου 1922 οι Τσέτες κατέσφαξαν περίπου 4000 Έλληνες κατοίκους των Κυδωνιών.
Παρά τους εξευτελισμούς που υφίστατο από τις τουρκικές αρχές, ο Γρηγόριος επισκεπτόταν τις περιοχές αυτές αγωνιζόμενος να σώσει το ποίμνιο του. Χάρη σ’ αυτή την αυταπάρνηση του κατόρθωσε να δεχθούν οι Τούρκοι να εισέλθουν ελληνικά πλοία και να παραλάβουν σχεδόν 20000 Έλληνες που κατοικούσαν στις Κυδωνιές.
Φυλάκιση
Στις 30 Σεπτεμβρίου ο Γρηγόριος συνελήφθη και φυλακίστηκε από τους Κεμαλικούς καθώς αρνήθηκε να εγκαταλείψει τη μητρόπολη του, δηλώνοντας πως ήταν υποχρεωμένος να μείνει. Στις 3 Οκτωβρίου 1922 θανατώθηκε μαζί με άλλους ιερείς που είχαν συλληφθεί αφού πρώτα βασανίστηκε φρικτά.
Ακόμη και τις τελευταίες στιγμές του προσπαθούσε να μείνει δίπλα στους ανθρώπους του σύμφωνα με τη μαρτυρία του συγκρατούμενου του: «Την 30 Σεπτεμβρίου του 1922 οι Τούρκοι ορίσανε ως ημέρα που θα επέτρεπαν και στους παπάδες των ένδεκα μεγάλων εκκλησιών του Αϊβαλιού να φύγουν. Ο Δεσπότης πάλι είπε: “Εγώ είμαι υποχρεωμένος να μείνω”. Επειδή έμεναν ακόμη χριστιανοί στην πόλη. Και είχε γνωσθεί η τελευταία αγριότητα. Όταν οι Τούρκοι μάζεψαν τους άντρες από 18-45 ετών και τους σκοτώσανε έξω απ’ την πόλη, είχαν εξαιρέσει από αυτή την ομαδική στρατολογία και σφαγή τα σινάφια: τους επαγγελματίες, τους φουρναραίους, τους χτίστες, τους μαραγκoύς. Ο διευθυντής της αστυνομίας τους κάλεσε όλους να παρουσιαστoύνε.
Τους πήγαν σ’ ένα λόφο λεγόμενο “Mπογιά” και τους σκότωσαν με τσεκούρια. Ένας μόνο γλύτωσε και είπε το τι έγινε. Τέλος, πιάσαν τον Δεσπότη και τους παπάδες. Ύστερα από τέσσερις μέρες φυλακή και βασανιστήρια, τους σηκώσανε και τους οδήγησαν έξω από την πόλη… Τους γυμνώσανε, τους δέρνανε, τους βιάζανε να περπατούν ξυπόλυτοι… Ήμουν με την προτελευταία αποστολή σκλάβων που οι Τούρκοι οδηγούσανε στο εσωτερικό της Aνατολής. Γυμνοί, πεινασμένοι, διψασμένοι, καταματωμένοι, είχαμε φτάσει στην Πέργαμο. Μας ρίξαν σε μια αποθήκη. Την άλλη μέρα, κατά το μεσημέρι, άνοιξε η πόρτα και μπήκε ένα νέο κοπάδι σκλάβων.
Ήταν, σε αξιοθρήνητη κατάσταση, οι παπάδες του Αϊβαλιού: αλλοσούσουμοι, καταματωμένοι κι αυτοί, με ξεσκισμένα ράσα, πεινασμένοι, ξυπόλυτοι, άγριοι απ’ τη μαρτυρική πορεία. Ο Κυδωνίων Γρηγόριος, αν και είχε ξεκινήσει μαζί τους, δεν έφτασε στην Πέργαμο. Έξω απ’ το Αϊβαλί οι Τούρκοι τον ξεχωρίσανε μαζί με μερικούς άλλους απ’ το κοπάδι και τον παραδώσανε σ’ ένα απόσπασμα εκτελεστικό που είχε, εκτός απ’ τα όπλα, και φτυάρια. Οι άλλοι οι παπάδες συνεχίσανε τον δρόμο. Σαν πέρασε λίγη ώρα, ακούσανε πίσω τους ντουφεκιές. Το απόσπασμα ενώθηκε μαζί τους αργότερα. Ένας Τούρκος του αποσπάσματος είπε: “Τον Δεσπότη τον θάψαμε ζωντανό. Οι ντουφεκιές ήταν για τους άλλους”».