Το Σεπτέμβριο του 1818 η ηγεσία της Φιλικής Εταιρείας αποφάσισε να προτείνει στον Καποδίστρια να αναλάβει την αρχηγία της οργάνωσης και στάλθηκε γι' αυτό το λόγο στην Πετρούπολη ο Ξάνθος. Μετά την άρνηση του Καποδίστρια τον Ιανουάριο του 1820, ο Ξάνθος στράφηκε στο Φαναριώτη πρίγκιπα Αλέξανδρο Υψηλάντη, ανώτατο αξιωματικό του Ρωσικού στρατού, που τον Απρίλιο του 1820 δέχτηκε την πρόταση των Φιλικών και με τη συνθηματική ονομασία «Καλός» ανέλαβε «Γενικός Έφορος» (ή «Επίτροπος») της Αρχής.
Η προετοιμασία της επανάστασης
Μετά την ανάληψη της αρχηγίας της Εταιρείας ο Υψηλάντης πήρε διετή άδεια και αναχώρησε από την Πετρούπολη αρχικά για τη Μόσχα και έπειτα την Οδησσό, συγκεντρώνοντας μεγάλα χρηματικά ποσά από πλούσιους εμπόρους και οργανώνοντας την επικείμενη εξέγερση. Τον Οκτώβριο του 1820 βρέθηκε στο Ισμαήλι της Βεσσαραβίας, όπου μετά από διαβουλεύσεις της Αρχής, καταστρώθηκε το σχέδιο της εξέγερσης, κέντρο της οποίας θα ήταν η Πελοπόννησος. Το «Σχέδιον Γενικόν» των Φιλικών πρόβλεπε λαϊκή εξέγερση στην Κωνσταντινούπολη και πυρπόληση του οθωμανικού στόλου, μετάβαση του Υψηλάντη στη Μάνη και εξέγερση στις παραδουνάβιες ηγεμονίες, για λόγους αντιπερισπασμού. Υπήρχε ακόμη πρόβλεψη για συμμαχία με Σέρβους και Βουλγάρους. Για την εφαρμογή της απόφασης και την προετοιμασία της καθόδου του Υψηλάντη στάλθηκε στην Πελοπόννησο ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δικαίος, γνωστός και ως Παπαφλέσσας και υπεύθυνος μαζί με τον Αναγνωσταρά για την Μεσσηνία.
Στις 24 Δεκεμβρίου 1820 εκστράτευσε από την Τριπολιτσά εναντίον του Αλή πασά στα Ιωάννινα, ο Χουρσίτ Μεχμέτ Πασάς του Μοριά και μειώθηκαν σημαντικά οι αξιόμαχες τουρκικές στρατιωτικές δυνάμεις στην περιοχή. Στις 6 Ιανουαρίου πέρασε στο Μοριά από την Ζάκυνθο, ειδοποιημένος από τους Φιλικούς ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης. Ο Παπαφλέσσας όργωσε τον Μοριά μιλώντας για την επανάσταση σε πόλεις και χωριά. Ο Κολοκοτρώνης έκανε συγκεντρώσεις καπεταναίων από όλη την Πελοπόννησο και τους ενημέρωσε να πάρουν τα όπλα μόλις δοθεί το σύνθημα. Άλλοι Φιλικοί προετοίμαζαν την επανάσταση σε Ρούμελη, Θεσσαλία και Μακεδονία.
Στις 26 Ιανουαρίου έγινε στη Βοστίτσα (Αίγιο) η Συνέλευση της Βοστίτσας, στην οποία συμμετείχαν επίσημοι αντιπρόσωποι των προεστών της Πάτρας και των Καλαβρύτων, τρεις ιεράρχες (δεσπότες) μεταξύ των οποίων ο Παλαιών Πατρών Γερμανός, διάφοροι προεστοί, αρχιερείς και καπεταναίοι από όλη την Πελοπόννησο και ο Παπαφλέσσας. Ο Παπαφλέσσας και οι καπεταναίοι δήλωσαν έτοιμοι για εξέγερση, οι προεστοί ήταν διστακτικοί και ζήτησαν εγγυήσεις για την υποστήριξη της Ρωσίας, τελικά συμφώνησαν όλοι να περιμένουν την άφιξη του Υψηλάντη για να ξεκινήσει η εξέγερση.
Ενώ στην Πελοπόννησο περίμεναν τον ερχομό του Υψηλάντη, είχαν εμφανιστεί διαφωνίες μεταξύ των ηγετικών στελεχών της Επανάστασης για το πότε αυτή θα έπρεπε να ξεκινήσει. Ο Υψηλάντης ήταν της άποψης ότι πρέπει να κηρυχθεί η Επανάσταση την άνοιξη του 1821. Υπέρ της επίσπευσης της έναρξης ήταν και οι Πατζιμάδης και Αντ. Κομιζόπουλος οι οποίοι από τη Μόσχα έγραφαν στον Ξάνθο την 14 Δεκ. 1820 ότι "... καιρός να αρχίση η θεώρησις του μπιλάντζου (Επανάστασης) καθ' όλα τα φαινόμενα ...". Ομοίως οι Γ. Ολύμπιος και Ι. Φαρμάκης με επιστολές τους της 9 Ιαν. 1821 από το Βουκουρέστι προς τον Υψηλάντη τόνιζαν την ανάγκη της γρήγορης έναρξης. Ο Δικαίος επίσης τόνιζε ότι "... ο καιρός δεν περιμένει την εδικήν σου και την εδικήν μου αργοπορίαν...". Αντίθετα, οι Αθ. Τσακάλωφ, Παν. Αναγνωστόπουλος, ο επίσκοπος Ουγγροβλαχίας Ιγνάτιος και ο Αλ. Μαυροκορδάτος που βρίσκονταν στην Πίζα ήταν της άποψης ότι οι προπαρασκευές δεν ήταν επαρκείς και δεν μπορούσε να αρχίσει σύντομα η Επανάσταση. Ο Αναγνωστόπουλος περί τα μέσα Φεβρουαρίου 1821 πήγε στη Ρουμανία όπου πρότεινε πεντάμηνη αναβολή της εξέγερσης. Όμως ο Υψηλάντης, επωφελούμενος της κατάστασης που δημιουργήθηκε στα μέσα Φεβρουαρίου από τον θάνατο του ηγεμόνα Αλέξανδρου Ν. Σούτσου, άρχισε τις προκαταρκτικές επαναστατικές ενέργειες. Εν τω μεταξύ έφτασαν οι πληροφορίες για την προδοσία του μυστικού από τον φιλικό Ασημάκη Θεοδώρου και δημιουργήθηκαν φόβοι ότι θα ακολουθούσαν βαριά αντίποινα των Τούρκων κατά των Ελλήνων. Ταυτόχρονα, το μυστικό διέρρευσε και στο Ιάσιο όπου ακόμα και μικρά παιδιά το εγνώριζαν. Έτσι αποφασίστηκε η κήρυξη της Επανάστασης χωρίς αναβολή. Ο ιστορικός Αλ. Ι. Δεσποτόπουλος θεωρεί ότι η τελική απόφαση για την Επανάσταση ελήφθη στο Κισνόβιο, πρωτεύουσα της Βεσσαραβίας, την 16 Φεβρουαρίου 1821, όπως προκύπτει από συγκαλυμμένο μήνυμα που έστειλε στον Ξάνθο την ίδια ημέρα.
Το Φεβρουάριο του 1821, όμως, φόβοι ότι οι οθωμανικές αρχές είχαν έλθει σε γνώση των επαναστατικών σχεδίων, υποχρέωσαν τον Υψηλάντη να μη μεταβεί στη Μάνη, αλλά να αλλάξει το αρχικό σχέδιο και να ξεκινήσει ο ίδιος την επανάσταση στη Μολδοβλαχία.
Η έναρξη της Επανάστασης - 1821
Η επανάσταση στη Μολδοβλαχία
Πρώτη πολεμική πράξη της επανάστασης ήταν η διάβαση του ποταμού Προύθου, στη Μολδαβία από τον Υψηλάντη στις 22 Φεβρουαρίου 1821 και η είσοδός του στο Ιάσιο. Στις 24 Φεβρουαρίου ο Υψηλάντης εξέδωσε προκήρυξη, το ιδεολογικό μανιφέστο της επανάστασης, με την οποία βεβαίωνε τους Έλληνες ότι "μια κραταιά δύναμις" ήταν έτοιμη να βοηθήσει τον αγώνα τους και τους καλούσε να πάρουν τα όπλα υπέρ των Δικαιωμάτων και της ελευθερίας τους, μιμούμενοι τους άλλους Ευρωπαϊκούς λαούς. Την 1 Μαρτίου ξεκίνησε την πορεία του προς τη Βλαχία, αφού ενώθηκε με τα τμήματα του Γεωργάκη Ολύμπιου, του Ιωάννη Φαρμάκη και πολλών Ελλήνων εθελοντών. Μαζί με τον Ιερό Λόχο που είχε συγκροτηθεί από 500 περίπου σπουδαστές των σχολών των πριγκιπάτων, η στρατιωτική δύναμη του Υψηλάντη έφτανε τους 7.000, μεταξύ των οποίων ήταν Βαλκάνιοι γείτονες (Σέρβοι, Βούλγαροι, Αρβανίτες).
Στα πριγκιπάτα η επανάσταση εξαπλώθηκε με επιτυχία. Οι Ρουμάνοι σύμμαχοι ήταν συσπειρωμένοι γύρω από τον εθνικό τους ηγέτη, συνεργάτη των Φιλικών Τούντορ (Θεόδωρος) Βλαντιμιρέσκου, που είχε κηρύξει επανάσταση ένα μήνα πριν ο Υψηλάντης περάσει τον Προύθο. Στις 21 Μαρτίου ο Βλαντιμιρέσκου με 6.000 πεζούς και 2.500 ιππείς κατέλαβε το Βουκουρέστι μέσα σ' ένα κλίμα γενικού ενθουσιασμού του πληθυσμού και ακολούθησε ο Υψηλάντης που μπήκε στην πόλη με τον στρατό του στις 27 Μαρτίου. Όλα έδειχναν ότι τα δύο κινήματα, θα συνεργάζονταν για την επιτυχία της εξέγερσης όμως για ποικίλους λόγους αυτό δεν έγινε.
Σε διεθνές (ευρωπαϊκό) επίπεδο η είδηση για εξέγερση στα πριγκιπάτα από τον Υψηλάντη δεν έγινε ευνοϊκά δεκτή από τις ισχυρές δυνάμεις της εποχής και μετά από μια σειρά διπλωματικών διεργασιών (Αγγλία, Αυστρία) και πιέσεων ο τσάρος της Ρωσίας Αλέξανδρος αποκήρυξε τελικά την εξέγερση και ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε' της Κωνσταντινούπολης αφόρισε τον Υψηλάντη και κάλεσε τον πληθυσμό να μείνει υπάκουος στο καθεστώς. Τα γεγονότα αυτά επηρέασαν το κίνημα στις ηγεμονίες και από το σημείο αυτό και μετά λανθασμένες επιλογές από το ελληνικό και ρουμανικό στρατόπεδο έφεραν την τελική αποτυχία της εξέγερσης στα πριγκιπάτα.
Στα πριγκιπάτα η επανάσταση δεν είχε καλή εξέλιξη. Πρώτα ήρθε η διάσπαση των επαναστατών και η σύλληψη και εκτέλεση του Βλαντιμιρέσκου από τους Έλληνες, την νύχτα της 27 Μαΐου με τη βοήθεια των αξιωματικών του, Πρόβαν και Μακεντόνσκι. Οι Οθωμανοί εισήλθαν με ισχυρές στρατιωτικές δυνάμεις στο Βουκουρέστι και ο Υψηλάντης, σε απελπιστική θέση υποχωρεί αμαχητί προς τα Καρπάθια. Στις 7 Ιουνίου δόθηκε από τους μαχητές του Ιερού Λόχου , η πολυαίμακτη μάχη στο Δραγατσάνι, όπου έπεσαν νεκροί διακόσιοι νέοι σπουδαστές και σαράντα πιάστηκαν αιχμάλωτοι από τους Οθωμανούς. Ο Υψηλάντης υποχωρώντας έφτασε στα αυστριακά σύνορα, συνελήφθη από τους αυστριακούς και φυλακίστηκε στο φρούριο του Μούνκατς. Λίγο μετά την αποφυλάκισή του επτά χρόνια αργότερα, πέθανε από καρδιά.
Στη Μολδαβία τα τμήματα του Γεωργάκη Ολύμπιου, του Φαρμάκη και του Καρπενησιώτη συνέχισαν τον άνισο αγώνα με τις οθωμανικές δυνάμεις. Ο Καρπενησιώτης συγκρούεται με τους Οθωμανούς στο Γαλάτσι και τον Προύθο με σοβαρές απώλειες. Ο Γεωργάκης Ολύμπιος, μετά από πολλές συγκρούσεις, καταφεύγει με έντεκα μαχητές στη Μονή Σέκου, αντιστέκεται ηρωικά και στις 23 Οκτωβρίου βάζουν φωτιά στη μπαρουταποθήκη του μοναστηριού και τινάζονται στον αέρα μαζί με τους εχθρούς. Ο Φαρμάκης προδόθηκε στους Οθωμανούς από Άγγλους και Αυστριακούς και θανατώθηκε με φρικτά βασανιστήρια. Στις αρχές του 1822 το κίνημα στα ρουμανικά πριγκιπάτα είχε κατασταλεί εντελώς. Η απασχόληση στα πριγκιπάτα σοβαρών στρατιωτικών οθωμανικών δυνάμεων βοήθησε να ανάψει και να διατηρηθεί η επαναστατική φλόγα στην Ελλάδα.