Οι συχνές επιδρομές των πειρατών αποσκοπούσαν στη λεηλασία των παραλίων οικισμών, την απαγωγή ποιμνίων, όπλων, πλοίων και τη σύλληψη σημαντικού αριθμού αιχμαλώτων οι οποίοι θα μπορούσαν να ανταλλαχθούν με λύτρα. Η συνήθης τιμή ανταλλαγής ενός αιχμαλώτου έφθανε τα 3.000 – 5000 γρόσια, ενώ υπάρχουν και περιπτώσεις που συλληφθέντες αντηλλάγησαν ακόμα και για 8.000 γρόσια.
Μέχρι την έναρξη της επανάστασης, όπως ήταν φυσικό, δεν υπήρξαν νόμοι για την πάταξη της πειρατείας. Ωστόσο με την κήρυξη του επαναστατικού αγώνα, εκδόθηκε από τα νησιά Ύδρα, Σπέτσες και Ψαρά, μια διάταξη που αφορούσε την διανομή των λειών (30 Μαρτίου 1821) με την οποία θεσπίστηκαν και οι πρώτες κυρώσεις κατά των πειρατών. Την παραπάνω διάταξη υιοθέτησε και το Υπουργείο Ναυτικών, όταν συστήθηκε για πρώτη φορά στην Κόρινθο την 6ηΜαρτίου 1822, αποτελούμενο από έναν αντιπρόσωπο από κάθε νησί.
Με την πειρατεία ασχολήθηκαν οι Μανιάτες, οι Σφακιανοί και πολλοί άλλοι, διότι την εποχή εκείνη ήταν ο μόνος τρόπος επιβίωσης. Η κεντρική διοίκηση δεν είχε την δύναμη να επιβάλλει την τάξη και περιοριζόταν στην έκδοση εγκυκλίων.
Μέχρι το 1826, οι πειρατές είχαν εγκαταστήσει βάσεις στο στενό μεταξύ Άνδρου και Τήνου, στις Βόρειες Σποράδες, στην Αντίπαρο, στη Μύκονο και στη Γραμβούσα, ενώ είχαν κατορθώσει να επεκτείνουν τη δράση τους σε ολόκληρη τη Μεσόγειο. Ο εντοπισμός τους από τα μεγάλα και δυσκίνητα σκάφη των ξένων δυνάμεων αποδεικνυόταν εξαιρετικά δύσκολος. Ο Δεριγνύ ανέφερε, τον Απρίλιο του 1826, ότι <<είναι αδύνατον στο Αιγαίο να πλεύσει σκάφος έστω και 10 λεύγες χωρίς να προσβληθεί από πειρατές. Σε καμιά άλλη θάλασσα δεν έχει εμφανισθεί τέτοια θρασεία πειρατεία της οποίας οι δράστες να μένουν ατιμώρητοι αλλά και προστατευόμενοι>>. Και πρόσθετε ότι <<ένας Υδραίος ληστεύει ποριώτη, ποτέ όμως συμπατριώτη του και δεν παραλείπει να ανάψει καντήλι στην εικόνα της Παναγίας για την επιτυχία της επόμενης ληστείας του>>. Κατά την εκτίμηση του Δεριγνύ, η έκταση των ζημιών από την πειρατεία στην ουδέτερη ναυτιλία κατά την περίοδο 1821 – 1826, έφθανε για την Αυστρία τα 4.000.000 φράγκα, για την Βρετανία τα 900.000 φράγκα και για τη Γαλλία τα 300.000 φράγκα. Οι σχετικά μικρές ζημιές της Γαλλικής ναυτιλίας οφειλόταν κυρίως στην παρουσία της Γαλλικής ναυτικής μοίρας της Σμύρνης.
Το Υπουργείο Ναυτικών της προσωρινής Διοίκησης ανησύχησε από τις πολλές καταγγελίες και αναγκάσθηκε να λάβει διάφορα μέτρα, τα οποία όμως δεν είχαν αποτέλεσμα. Απεναντίας, ιδιαίτερα μετά τη ναυμαχία του Ναυαρίνου, οπότε και διακόπηκαν οι ναυτικές επιχειρήσεις λόγω έλλειψης αντιπάλου, η πειρατεία επεκτάθηκε.
Οι κυριότερες βάσεις πειρατών ήταν η Γραμβούσα και οι Βόρειες Σποράδες. Χαρακτηριστικά αναφέρεται ότι μόνο κατά τους μήνες Σεπτέμβριο και Οκτώβριο του 1827 είχαν λεηλατηθεί 81 πλοία. Ολόκληρη η Ευρώπη είχε δυσανασχετήσει έντονα, ενώ οι Ναύαρχοι της Συμμαχίας (Βρετανία, Γαλλία, Ρωσία) είχαν οργιστεί κατακρίνοντας δριμύτατα την Ελληνική Κυβέρνηση ως ανίσχυρη.
Ο Κόδριγκτον, στη συνάντηση που είχε με τον Καποδίστρια στη Μάλτα, πριν ο τελευταίος αποβιβαστεί στην Ελλάδα, συζήτησε εκτός των άλλων και τα μέτρα που έπρεπε να ληφθούν για το συγκεκριμένο θέμα, δεχόμενος μάλιστα να αναλάβει εκείνος τις επιχειρήσεις εναντίων των πειρατών στην Γραμβούσα.
Για την αποτελεσματική αντιμετώπιση της πειρατείας στην περιοχή των Βορείων Σποράδων τρία ήταν τα πρόσωπα στα οποία βασίστηκε ο Καποδίστριας: ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο Ναύαρχος Ανδρέας Μιαούλης και ο πλοίαρχος Αντώνιος Κριεζής. Στις 23 Ιανουαρίου 1828 έδωσε διαταγή στο Ναύαρχο Ανδρέα Μιαούλη να σπεύσει στα νησιά Σκόπελο, Σκιάθο, Σκύρο και Ηλιοδρόμια, και να λάβει τα μέτρα που η φρόνησή και η εμπειρία του υπαγόρευαν. Για το σκοπό αυτό του παραχωρεί το δικαίωμα να εκδώσει προκηρύξεις προς τον λαό και διαταγές προς τη δημογεροντία και τους στρατιωτικούς, έτσι ώστε να παύσουν για πάντα τα δεινά των κατοίκων και να αποκατασταθεί η τάξη. Ο Μιαούλης, σε απάντησή του στον Κυβερνήτη, αφού παρουσίασε τις ελλείψεις του ναυτικού σε πλοία, του πρότεινε την κατάσχεση των αξιόπλοων πειρατικών που βρίσκονταν στις Σποράδες και την πυρπόληση των υπολοίπων προς παραδειγματισμό των πειρατών.
Όσων αφορά τον Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο ο καποδίστριας εξέγωσε ειδικό διάταγμα, ζητώντας του να εξετάσει την επικρατούσα κατάσταση στο Αιγαίο και να λάβει τα ενδεδειγμένα μέτρα. Ο Μαυροκορδάτος ο οποίος μέχρι τότε συμμετείχε στον αγώνα και ήταν μέλος των Ελληνικών κυβερνήσεων ζήτησε, εκτός της φρεγάτας που του παραχώρησε η Κυβέρνηση, Γολέτα για την μεταφορά των Δημογερόντων από τα πιο απομακρυσμένα νησιά.
Στις 17 Φεβρουαρίου 1828 ο Καποδίστριας απηύθυνε διαταγή προς τους οπλαρχηγούς των Σποράδων με την οποία κατέστησε σαφή την πρόθεση της κυβέρνησης για την εκκαθάριση των νησιών και ταυτόχρονα τους καλούσε να ακολουθήσουν τον Μιαούλη στην Σαλαμίνα και να ενταχθούν στο νόμιμο στράτευμα.
Την επόμενη μέρα αναχώρησε ο Μιαούλης από τον Πόρο με ένα στολίσκο που τον αποτελούσε το δίκροτο <<Ελλάς>>, οι κανονιοφόροι <<Φιλελληνίς>> και <<Βαυαρία>> και μια ένοπλη τράτα. Στις 19 φεβρουαρίου έφθασε στη Σκόπελο όπου συγκέντρωσε όλα τα πλοία που βρήκε στο λιμάνι και στους όρμους του νησιού (41 πλοία), ζητώντας από όλους τους πειρατές να υπακούσουν στις διαταγές του Κυβερνήτη, ενώ μετά τους άφησε να συσκεφθούν και να του απαντήσουν. Στη συνέχεια μετέβη στη Σκιάθο, όπου κατάσχεσε όσα πλοία κατάφερε να βρει (38 περίπου).
Εκεί τον συνάντησαν οι πειρατές Σκοπέλου και Σκιάθου και αφού του εξέφρασαν την γενικότερη σύμφωνη γνώμη τους με το σχέδιο του Κυβερνήτη, του ζήτησαν να μην μετακινηθούν από τα νησιά, προβάλλοντας ως δικαιολογία ότι δεν είχαν τα απαραίτητα χρήματα για μια τέτοια ενέργεια και ότι εξαιτίας του φόβου των αντιποίνων των ντόπιων, δεν μπορούσαν να αφήσουν πίσω τις οικογένειές τους. Ταυτόχρονα του ανέφεραν ότι ο μισθός που τους υπόσχετο η κυβέρνηση για την είσοδό τους στο στρατό ήταν μικρός. Ο Μιαούλης τους απάντησε ότι δεν μπορούσε να γίνει διαπραγμάτευση επι των διαταγών και ακολούθως τους άφησε ελεύθερους να αποφασίσουν. Αμέσως μετά αναχώρησε για τη Χίο (28 Φεβρουαρίου) προκειμένου να την υπερασπιστεί από τους Τούρκους. Σε αναφορά προς την Κυβέρνηση, και αφού εξέθετε όσα διαδραματίστηκαν, διατύπωνε την άποψη ότι οι πειρατές είχαν την κρυφή συγκατάθεση αισχροκερδών ανδρών που κατείχαν σημαντικές δημόσιες θέσεις. Ακόμα ενημέρωνε τον Συνταγματάρχη Φαβιέρο ότι ορισμένοι από τους πειρατές (Διαμαντής, Ζορμπάς, Δουμπιώτης κ.α.) είχαν επιβιβασθεί σε δύο κατασχεθείσες Γολέτες και κατευθύνονταν προς την έδρα της Κυβερνήσεως για να συναντηθούν με τον Καποδίστρια.
Με το πέρας της επιχείρησης η κυβέρνηση διόρισε επιτροπή προκειμένου να εξετάσει ποια από τα πλοία που είχαν συλληφθεί ήταν ύποπτα και ποια ένοχα για πειρατεία για να προχωρήσει νόμιμα στις απαραίτητες κατασχέσεις. Στις 28 Φεβρουαρίου 1828 οι δημογέροντες της Σκοπέλου απέστειλαν επιστολή προς τους πληρεξουσίους του νησιού τους και αφού τους εξιστόρησαν τα συμβάντα της επιχείρησης του Μιαούλη, ζήτησαν τη συνδρομή τους προκειμένου να αντιμετωπισθούν οι εναπομείναντες πειρατές στο νησί τους, οι οποίοι είχαν στο μεταξύ αποθρασυνθεί και είχαν προχωρήσει σε ακόμα μεγαλύτερες καταστροφές και αυθαιρεσίες. Έτσι ο Καποδίστριας τον Μάρτιο του 1828 ανέθεσε στον Αναστάσιο Παπαλουκά και στον Αντώνιο Κριεζή (που είχε χαρακτηρισθεί και ως δεξί χέρι του Μιαούλη) την μεταφορά των πειρατών σε στρατόπεδο στην Ελευσίνα. Ας σημειωθεί ότι ήταν τόσο το θάρρος που επέδειξε ο Κριεζής, ώστε υμνήθηκε από τους ναύτες με τα λόγια: <<Όποιος δεν θέλει να ζει, ας πάει με τον Κριεζή>> . Εξάλου οπλοφόροι προερχόμενοι από τις Σποράδες που βρίσκονταν στον Πόρο, διατάσσονταν να επιστρέψουν στους τόπους άφιξής τους και από εκεί να ακολουθήσουν τους υπόλοιπους πειρατές κατά τη μετακίνησή τους στο στρατόπεδο της Ελευσίνας. Τέλος, ο Καποδίστριας προέβλεψε και την περισυλλογή των επί της Θάσου δρώντων <<Λιάπηδων>> και την μεταφορά τους στην Ελευσίνα.
Και μετά όμως τη μεταφορά των περισσότερων πειρατών, στις Βόρειες Σποράδες παρέμεινε μόνο ένας μικρός αριθμός από κάποιους από αυτούς που κατόρθωσαν να κρυφτούν και άρχισαν να επιδίδονται εκ νέου στην τακτική της πειρατείας στα παράλια της Εύβοιας, της Ζαγοράς, της Σκιάθου, του Άθωνα και του Αγίου Ευστρατίου.
Εξάλλου σε μια αναφορά των Ιερών Μοναστηριών του Αγίου Όρους προς τον καποδίστρια, με ημερομηνία 7 Μαρτίου 1828, σημειώνεται ότι πειρατές με επικεφαλής τον Κωνσταντή Δουμπιώτη αποβιβάζονταν στο Άγιο Όρος και έστηναν ενέδρες στους Μοναχούς, ακρωτηριάζοντας και σκοτώνοντάς τους. Σύμφωνα με την αναφορά οι μοναχοί δεν τολμούσαν πια να βγουν από τα Μοναστήρια τους ούτε για να μαζέψουν χόρτα, ενώ όσοι ζούσαν μέχρι τότε σε κελιά είχαν καταφύγει στα Μοναστήρια.
Το 1828, μετά συμφωνία του Καποδίστρια με τον Κόδριγκτον, στάλθηκε στη Γραμβούσα μοίρα υπο τον Βρετανό Υποναύαρχο Στέινς υπο την συνοδεία του Μαυροκορδάτου, ως επιτρόπου της Ελληνικής Κυβέρνησης και ενός λόχου του Ελληνικού Στρατού υπο τον Σκωτσέζο φιλέλληνα ταγματάρχη Έρκχαρτ.
Το ορμητήριο όμως των πειρατών ήταν και ορμητήριο των αγωνιστών που πολεμούσαν για την Ελευθερία. Για τον λόγο αυτό, όταν η Αγγλογαλλική δύναμη εμφανίστηκε έξω από την Γραμβούσα, ο βρετανός μοίραρχος έγραψε στην επιτροπή των Κτητικών που βρίσκονταν στο φρούριο ότι είχε πάει να καταπολεμήσει την πειρατεία και όχι για να εμποδίσει τους αγώνες του νησιού για την Ελευθερία. Έτσι απαίτησε την παράδοση των πειρατών, όλων των πειρατικών πλοίων και την παράδοση του φρουρίου στην Ελληνική Κυβέρνηση. Ο Καποδίστριας, παρά την αποκάλυψη ότι επικεφαλής της πειρατικής αυτής εστίας ήταν το ίδιο το <<Εθνικό Συμβούλιο>> που είχε τη διεύθυνση του αγώνα στην Κρήτη, ζήτησε και πέτυχε να παραδοθούν στην Ελληνική Κυβέρνηση για να δικασθούν από αυτή, όσοι είχαν συλληφθεί ως πειρατές και είχαν σταλεί από τους Βρετανούς στη Μάλτα, καθώς και όσα πλοία είχαν καταληφθεί στη Γραμβούσα ως πειρατικά και είχαν σταλεί και αυτά στη Μάλτα για να παραδοθούν στην Ελληνική Κυβέρνηση με την δέσμευση να μην αποδοθούν στους ιδιοκτήτες τους, αλλά να χρησιμοποιηθούν από το Ελληνικό κράτος. Με τις διεκδικήσεις τους αυτές ο Καποδίστριας θέλησε προπάντων να μην παραβιαστεί η αρχή της <<Επικρατειακής Ακεραιότητας>>, δηλαδή να υποδηλωθεί η ευθύνη και η εξουσία που η Ελληνική κυβέρνηση αξίωνε να έχει στο έδαφος της Κρήτης.
Ο Καποδίστριας για να πετύχει την καταστολή της πειρατείας στο υπόλοιπο Αιγαίο, επικαλέστηκε τη βοήθεια των ξένων δυνάμεων. Έτσι ο Γάλλος Συνταγματάρχης Φαβιέρος διέθεσε μια Γολέτα υπό το Ανάργυρο Λεμπέση για την καταδίωξη των πειρατών στην περιοχή των Οινουσών και της Μυτιλήνης. Συγχρόνως οι βρετανοί εκκαθάρισαν το Καστελόριζο, οι Αυστριακοί την Κασσάνδρα, τις Οινούσες και τα ψαρά, ενώ οι Γάλλοι ανέλαβαν τις υπόλοιπες περιοχές. Η δίωξη των πειρατών από τις περιοχές αυτές άρχισε στις 25 Οκτωβρίου και σε 18 ημέρες πέτυχε το στόχο της.
H ΘΥΣΙΑ ΤΟΥ ΠΛΟΙΑΡΧΟΥ HIPPOLYTE BISSON ΣΤΗ ΑΣΤΥΠΑΛΑΙΑ
Με το τέλος της ναυμαχίας του Ναβαρίνου και την καταστροφή του Τούρκο – Αιγυπτιακού στόλου από τον συμμαχικό Αγγλικό, Ρωσικό και Γαλλικό , οι πειρατές αξιοποιώντας τις αναταραχές και συγκρούσεις της επανάστασης στο Αιγαίο, άρχισαν αγώνα καταλήστευσης των νησιών.
Η Γαλλική κορβέτα La Lampoire (Η Μύραινα) υπό την πλοιαρχία του φιλέλληνα Πλοιάρχου Hippolyte Bisson, αρχίζει περιπολίες στα νησιά του Αιγαίου προκειμένου να διαφυλάξει τους πληθυσμούς τους που στέναζαν από τις επιδρομές των πειρατών, καθώς και να προστατεύσει την ναυσιπλοΐα στο επαναστατημένο Αιγαίο πέλαγος.
Κατά τη διάρκεια περιπολίας, στις 6 Νοεμβρίου 1827, κοντά στο επαναστατημένο, παρά τα προνόμια που του είχε παραχωρήσει ο Σουλτάνος, νησί της Αστυπάλαιας, συλλαμβάνει το πειρατικό μπρίκι ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ. Αμέσως μετά τη σύλληψη ξεσπά δυνατή καταιγίδα. Ο Bisson, αναγκάζεται να οδηγήσει τα δύο πλοία στον κόλπο Μαλτεζάνα του νησιού, προκειμένου να τα προστατεύσει από την θαλασσοταραχή.
Ενώ τα δύο πλοία είχαν ποντίσει τις άγκυρές τους, ξαφνικά εμφανίζονται δύο πειρατικά πλοία. Τα πειρατικά αρχίζουν να βάλουν κατά της Κορβέτας και του Μπρικιού. Αμέσως ξεσπά ένας άνισος αγώνας, καθώς τα δύο πλοία ήταν ακινητοποιημένα, που διαρκεί ώρες. Το ΠΑΝΑΓΙΩΤΗΣ, βαριά χτυπημένο από τα πυρρά των πειρατικών, αρχίζει να παίρνει κλίση, τότε ο Bisson διατάσει το δεκαπενταμελές πλήρωμά του να πέσει στην θάλασσα. Το Παναγιώτης δεν έχει πια καμία τύχη, μόνο τέσσερις από το πλήρωμά του θα φτάσουν στη στεριά.
Στη συνέχεια ο Bisson, βλέποντας ότι ο αγώνας ήταν μάταιος κλείνεται στην μπαρουταποθήκη και βάζει φωτιά.
Με αυτές τις ενέργειες του καποδίστρια καταπολεμήθηκε σε μεγάλο βαθμό η πειρατεία και ολόκληρη η Ευρώπη τον επαίνεσε για την δραστηριότητα και τις επιτυχίες του. Ωστόσο η εξάλειψη της πειρατείας δεν ήταν οριστική. Αυτό οφείλετε, σε ένα βαθμό, στις αξιοθαύμαστες ικανότητες των πειρατών. Οι τελευταίοι είχαν την δυνατότητα να απομακρύνονται σε σύντομο χρονικό διάστημα από τον τόπο της δράσης τους και να κρύβονται στις πολυπληθείς κολπώσεις των ακτών. Έτσι οι προσπάθειες της Κυβέρνησης του Καποδίστρια των μεμονομένων πλέον περιστατικών πειρατείας, συνεχίστηκαν και κατά το 1830, όπως αποδεικνύετε και από την επιστολή του Βιάρου Καποδίστρια (αδελφού του Κυβερνήτη), Υπουργού των Ναυτικών, προς τον κυβερνήτη. Με την συγκεκριμένη επιστολή του ο Βιάρος προτείνει την περιπολία πλοίων στο Αιγαίο, την επισκευή του πλοίου <<Αγαμέμνωνας>> και την παροχή άδειας στα παραπλέοντα πλοία να κατάσχουν ή να βυθίζουν όσα πλοία δεν έχουν τα απαραίτητα έγγραφα.
Ο Καποδίστριας ως διορατικός ηγέτης γνώριζε ότι για να εξαλειφθεί η πειρατεία έπρεπε να εκλείψουν τα γενεσιουργά της αίτια, δηλαδή τα οικονομικά και κοινωνικά αίτια που την προκαλούσαν και την συντηρούσαν. Για το λόγο αυτό προσπάθησε να εντάξει στις ένοπλες δυνάμεις ή να απασχολήσει στην καλλιέργεια της γης τους άνεργους ναυτικούς, τους άτακτους στρατιωτικούς και τους πρόσφυγες. Οι οικονομικές όμως δυχέριες του κράτους , απέτρεπαν την αξιοποίηση όλων αυτών των ανέργων, γεγονός που προκαλούσε την δυσχέρειά τους έναντι του Κυβερνήτη. Έτσι σιγά-σιγά η πειρατεία άρχισε να επανεμφανίζεται. Όσο λοιπόν καθυστερούσε η αποκατάσταση των ανέργων, τόσο δύσκολη ήταν η εξάλειψη της πειρατείας.
Μετά την δολοφονία του Καποδίστρια τα πειρατικά κρούσματα πολλαπλασιάστηκαν. Ήταν δε τέτοιο το θράσος τους, που δεν δίστασαν να αιχμαλωτίσουν ακόμα και πλοίο του Πολεμικού Ναυτικού. Στις πηγές επίσης αναφέρεται και η περίπτωση ενός πολεμικού πλοίου που μετετράπη σε πειρατικό. Χρειάστηκε να περάσουν αρκετά χρόνια και να γίνουν συντονισμένες ενέργειες των επόμενων Κυβερνήσεων ώστε να εξαλειφθεί το φαινόμενο. Σε περιόδους που εξασθενούσε η κεντρική διοίκηση εξαιτίας των κυβερνητικών, συνταγματικών και πολιτειακών μεταβολών που έγιναν μέχρι και τα μέσα του δεύτερου μισού του 19ου αιώνα, η δράση των πειρατών αυξανόταν.