Και τα δύο είναι σωστά. Η λέξη στα αρχαία ελληνικά ήταν γένους αρσενικού, ο νεφρός. Ωστόσο, ήση από τα μεσαιωνικά ελληνικά έχει σχηματιστεί το ουδέτερο "το νεφρό". Επομένως, το ουσιαστικό "ο νεφρός" είναι πιο αρχαιοπρεπές, ενώ το ουσιαστικό "το νεφρό" είναι πιο σύγχρονο.
Νεφρό < μεσαιωνική ελληνική νεφρά < αρχαία ελληνική νεφρός
Νεφρό < μεσαιωνική ελληνική νεφρά < αρχαία ελληνική νεφρός