Ως γνωστόν, ο μαραθώνιος οφείλει το όνομά του στην ιστορία ενός Έλληνα αγγελιαφόρου, του Φειδιππίδη, τον οποίο είχε στείλει ο στρατηγός Μιλτιάδης να αναγγείλει τα χαρμόσυνα νέα της νίκης κατά των Περσών.
Πιο συγκεκριμένα, πολύ πριν οι 300 Σπαρτιάτες ανακόψουν τον Πέρση βασιλιά Ξέρξη Α΄ στις Θερμοπύλες, οι Έλληνες αντιστάθηκαν στη μεγαλύτερη στρατιωτική δύναμη εκείνης της εποχής, συμβάλλοντας έτσι στη διασφάλιση της δημοκρατίας στα πρώτα της χρόνια.
Ο Ξέρξης είχε εξάλλου κληρονομήσει το φλογερό πάθος του να υποτάξει την Ελλάδα από τον πατέρα του, Δαρείο Α΄. Το εκστρατευτικό σώμα που έστειλε ο Δαρείος το 492 π.Χ. προέλαυνε στην ηπειρωτική Ελλάδα, πολιορκώντας κάθε ελληνικό νησί και πόλη που συναντούσε. Ο στόλος και ο στρατός που είχε στείλει ο Δαρείος ήταν τεράστιος. Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, περιλάμβανε 600 τριήρεις που μπορούσαν να μεταφέρουν μια πολεμική δύναμη μεταξύ 25.000 και 100.000 ανδρών.
Οι Έλληνες πρώτη φορά αντιμετώπιζαν μια δύναμη σε τέτοια κλίμακα και, καθώς η είδηση άρχισε να φτάνει στην ενδοχώρα σε συνδυασμό με τα νέα για την κατάπνιξη της ιωνικής επανάστασης, ο φόβος και η ανησυχία εντάθηκαν. Αν οι δυνάμεις της πανίσχυρης Περσίας έφταναν έξω από τις πύλες της Αθήνας, το πρότυπο πολίτευμα που στηριζόταν στη λαϊκή βούληση θα χανόταν οριστικά. Το όνειρο της δημοκρατίας θα συντριβόταν κάτω από το πέλμα του Δαρείου. Το 490 π.Χ. οι εισβολείς, με επικεφαλής τους στρατηγούς Δάτη και Αρταφέρνη, τον αδελφό του Δαρείου, είχαν θέσει τα νησιά των Κυκλάδων υπό περσικό έλεγχο, είχαν πολιορκήσει και λεηλατήσει την Ερέτρια, και κατευθύνονταν προς την Αθήνα.
Ο Δαρείος επιθυμούσε διακαώς να τιμωρήσει την Αθήνα επειδή είχε βοηθήσει τους επαναστατημένους Ίωνες και γενικότερα είχε προ βάλει αντίσταση στις επεκτατικές βλέψεις της Περσίας στη δύση. Η ενδεχόμενη κατάληψη της Αθήνας θα επικύρωνε συνεπώς αδιαμφισβήτητα την επιτυχία της εκστρατείας. Μετά την ολοκληρωτική καταστροφή της Ερέτριας, ο Δάτης γεμάτος ενθουσιασμό έβαλε πλώρη για την Αθήνα.
Ο Δάτης επέλεξε τον κόλπο του Μαραθώνα για να αποβιβάσει τη δύναμη εισβολής του. Βρισκόταν κοντά στην κωμόπολη του Μαραθώνα, 40 χιλιόμετρα από την Αθήνα. Ως απάντηση, οι Αθηναίοι έστειλαν 10.000 άνδρες. Ένας από τους στρατηγούς αυτού του στρατιωτικού σώματος ήταν και ο Μιλτιάδης, ο πιο έμπειρος από όλους, καθώς ήταν ο μόνος που στο παρελθόν είχε πολεμήσει εναντίον των Περσών. Το σχέδιο των Αθηναίων προέβλεπε την αναχαίτιση του περσικού στρατού στον Μαραθώνα και τη διακοπή της προέλασής του.
Παράλληλα ζητήθηκε η συνδρομή της Σπάρτης, προ κειμένου οι συνασπισμένες δυνάμεις των δύο πόλεων να εξοντώσουν τους εισβολείς. Όταν ο Μιλτιάδης έφτασε στον Μαραθώνα, έθεσε γρήγορα το ελληνικό σχέδιο σε εφαρμογή, αποκλείοντας τα περάσματα διαφυγής και προετοιμαζόμενος για την περσική επίθεση. Για πέντε μέρες οι Πέρσες δεν επιτίθεντο κι αυτό προβλημάτιζε τον Μιλτιάδη και τους στρατηγούς του.
Δεν γνώριζαν επίσης αν κάθε μέρα που περνούσε έφερνε πιο κοντά τα σπαρτιατικά στρατεύματα ενίσχυσης. Δεν έχουν καταγραφεί οι λόγοι για την αναβλητικότητα που επέδειξε ο Δάτης. Πολύ πιθανόν είναι να συνδέεται με τον τρόπο χρησιμοποίησης του ισχυρότατου περσικού ιππικού. Το σίγουρο είναι ότι στον Μαραθώνα παρατάχθηκε μικρό μέρος του περσικού ιππικού και ότι κάτι συνέβη την πέμπτη μέρα του αδιεξόδου.
Δεν είναι γνωστό αν ο Μιλτιάδης συνειδητοποίησε ότι χωρίς το ιππικό οι Πέρσες ήταν ευάλωτοι σε μια κατά μέτωπο επίθεση και αποφάσισε να κινηθεί εναντίον τους ή αν ο Δάτης κουράστηκε να περιμένει και πίεσε για επίθεση. Την πέμπτη μέρα πάντως οι Έλληνες επιτέθηκαν εναντίον του εχθρού μαζικά και αιφνιδιαστικά, διασπώντας τις αδύναμες πτέρυγες των Περσών και κυκλώνοντας το κέντρο τους.
Πράγματι, αν και υστερούσαν αριθμητικά δυο προς έναν, οι Έλληνες κατάφεραν μια αποφασιστική νίκη. Η ήττα των Περσών στον Μαραθώνα ήταν τεράστια. Ενώ οι Αθηναίοι περίμεναν ότι οι Πέρσες θα ανασυντάσσονταν για να επιτεθούν στην Αθήνα, εκείνοι ήταν τόσο καταβεβλημένοι από τη μάχη ώστε αναγκάστηκαν να επιστρέψουν κατευθείαν στην Περσία, προκαλώντας την οργή του Δαρείου Α΄ και δίνοντας το έναυσμα για τη δεύτερη περσική εισβολή στην Ελλάδα, την οποία επιχείρησε ο Ξέρξης μετά τον θάνατο του πατέρα του.
Η νίκη στον Μαραθώνα από την άλλη ήταν μια καθοριστική στιγμή για τη νεαρή αθηναϊκή δημοκρατία, εγκαινιάζοντας μια χρυσή εποχή ανάπτυξης για την πόλη που θα διαρκούσε περίπου έναν αιώνα.