Ο Καζαντζάκης στης ζωή του δέχτηκε πολλά πυρά από την εκκλησία και βρέθηκε αρκετές φορές σε θέσεις και καταστάσεις που λίγο πολύ είναι σε όλους γνωστές, με αποκορύφωμα την τελευταία πράξη, την ημέρα της ταφής του στο Ηράκλειο της Κρήτης.
Ωστόσο, μια άλλη ιστορία ξετυλίχθηκε δυο χρόνια πριν από το θάνατό του, στις 4 Μαΐου 1955, μετά την επιστροφή του από την Αντίμπ που διώχθηκε ως ιερόσυλος, και η κατηγορία σε βάρος του στηρίχθηκε σε αποσπάσματα από το έργο του «Kαπετάν Mιχάλης», καθώς και στο σύνολο του βιβλίου του «Ο Τελευταίος Πειρασμός», το οποίο δεν είχε κυκλοφορήσει ακόμη στην Ελλάδα. H Ιεραρχία της Εκκλησίας της Ελλάδος τον καταράστηκε και ζήτησε από την κυβέρνηση, την απαγόρευση των βιβλίων του .
Λέει ο ίδιος ο Καζαντζάκης …
«Η δυαδική υπόσταση του Χριστού στάθηκε για μένα πάντα βαθύ, ανεξερεύνητο μυστήριο. Η λαχτάρα, η τόσο ανθρώπινη, η τόσο υπεράνθρωπη, να φτάσει ο άνθρωπος ως το θεό - ή πιο σωστά: να επιστρέψει ο άνθρωπος στο Θεό και να ταυτιστεί μαζί του. Η νοσταλγία αυτή, η τόσο μυστική και συνάμα τόσο πραγματική, άνοιγε μέσα μου πληγές και πληγές μεγάλες. Από τη νεότητα μου η πρωταρχική μου αγωνία, από όπου πήγαζαν όλες οι χαρές και όλες μου οι πίκρες, ήταν τούτη: η ακατάπαυτη, ανήλεη πάλη ανάμεσα στο πνεύμα και στη σάρκα. Μέσα παμπάλαιες ανθρώπινες και προανθρώπινες φωτερές δυνάμες του Θεού κι ψυχή μου ήταν η παλαίστρα που οι δύο τούτοι στρατοί χτυπιούνταν κι έσμιγαν. Αγωνία μεγάλη, αγαπούσα το σώμα μου και δεν ήθελα να χαθεί, αγαπούσα την ψυχή μου και δεν ήθελα να ξεπέσει μαχόμουν να φιλιώσω τις δύο αυτές αντίδρομες κοσμογονικές δυνάμες, να νιώσουν πως δεν είναι οχτροί, είναι συνεργάτες και να χαρούν, να χαρώ κι εγώ μαζί τους, την αρμονία». Και το κατηγορητήριο που απηύθυνε η Εκκλησία της Ελλάδος στο Νίκο Καζαντζάκη ήταν το εξής:
«1. Διά του μυθιστορήματος "Καπετάν Μιχάλης" διασύρεται η Εκκλησία, διαπομπεύονται οι ιεροί αυτής θεσμοί και καθυβρίζεται το τριαδικόν του Θεού.
2. Το μυθιστόρημα "Ο Χριστός ξανασταυρώνεται", εκτός του παραδόξου και ασεβούς τίτλου του, περιέχει διάθεσιν ασεβούς χρησιμοποιήσεως ιστορικών αληθειών του Ευαγγελίου. Εξ άλλου, διά του βιβλίου τούτου γίνεται διδασκαλία σοσιαλιστικών και κομμουνιστικών θεωριών και περιυβρίζονται οι ποιμένες της Εκκλησίας.
3. Ο εκδοθείς εις Γερμανίαν "Τελευταίος πειρασμός" θεωρείται βιβλίον σκανδαλώδες και επικίνδυνον διά κάθε Χριστιανόν και, ως εκ τούτου, επιβάλλεται όπως -πάση θυσία- αποφευχθεί η εις την Ελληνικήν μετάφρασίς του. Ειδικώτερον, αναφέρεται, ότι διά του "Τελευταίου πειρασμού" υβρίζεται το Θεανδρικό πρόσωπο του Χριστού, ότι επιδιώκεται να καταρριφθεί η θεότης Αυτού, ως και η χριστιανική ηθική. Τονίζεται, εξ άλλου, ότι με μεγάλην φαντασιοκοπίαν και αχαλίνωτον αυθαιρεσίαν, παραποιείται εις αυτό, η διδαχή του Ευαγγελίου, και ό,τι είναι γραμμένο βάσει των θεωριών του Φρόυντ και του ιστορικού υλισμού. Όλα τα εκδοθέντα έργα του Καζαντζάκη είναι του αυτού ασεβέστατου και αντεθνικού περιεχομένου με τα ανωτέρω βιβλία». Σε επιστολή που απηύθυνε στα μέλη της Ιεράς Συνόδου, έγραψε μεταξύ άλλων, «..Μου δώσατε μια κατάρα, Άγιοι Πατέρες, σας δίνω μια ευχή: Σας εύχομαι να 'ναι η συνείδησή σας τόσο καθαρή όσο η δική μου και να 'στε τόσο ηθικοί και θρήσκοι όσο είμαι εγώ..».
Τελικά η Εκκλησία της Ελλάδος δεν προχώρησε στον αφορισμό του Νίκου Καζαντζάκη, καθώς ήταν αντίθετος σε κάτι τέτοιο ο οικουμενικός πατριάρχης Αθηναγόρας ο οποίος ποτέ δεν υπέγραψε τον αφορισμό του. Το Βατικανό, επίσης, ενέγραψε τον «Τελευταίο πειρασμό» (1954 και 1955) στον πίνακα των απαγορευμένων βιβλίων (Index librorum prohibitorum). Ο Καζαντζάκης απέστειλε τότε τηλεγράφημα στην Επιτροπή του Index με τη φράση του χριστιανού απολογητή Τερτυλλιανού «Ad tuum, Domine, tribunal apello», δηλαδή «Στο Δικαστήριό σου, Κύριε, κάνω έφεση».