Η δολοφονία του Ιωάννη Καποδίστρια το 1831 παραμένει ένα από τα πιο σκοτεινά και καθοριστικά γεγονότα της νεότερης ελληνικής ιστορίας. Ο πρώτος Κυβερνήτης της Ελλάδας δεν ήταν απλώς ένας πολιτικός ηγέτης, αλλά ένας οραματιστής διπλωμάτης που επιχείρησε να οικοδομήσει ένα σύγχρονο εθνικό κράτος πάνω στις στάχτες της Επανάστασης του 1821. Η προσέγγισή του, η οποία βασιζόταν στην ισονομία και τη δημιουργία ισχυρών θεσμών, ερχόταν σε άμεση σύγκρουση τόσο με τα τοπικά συμφέροντα των κοτζαμπάσηδων και των οπλαρχηγών, όσο και με τις γεωπολιτικές επιδιώξεις των Μεγάλων Δυνάμεων της εποχής.
Η Ελληνική Επανάσταση θεωρείται η πιο αναθεωρητική δύναμη του 19ου αιώνα, καθώς αμφισβήτησε ευθέως το στάτους κβο της Ιερής Συμμαχίας και της Συνθήκης της Βιέννης. Ενώ η Ευρώπη προσπαθούσε να καταστείλει κάθε εθνικό ή κοινωνικό κίνημα, οι Έλληνες διεκδικούσαν ένα ανεξάρτητο κράτος με δημοκρατικά συντάγματα, κάτι που θεωρούνταν επικίνδυνο προηγούμενο για τις μοναρχίες της εποχής. Ο Καποδίστριας, έχοντας βαθιά γνώση της ευρωπαϊκής διπλωματίας, προσπάθησε να ελιχθεί ανάμεσα σε αυτές τις συμπληγάδες, επιβάλλοντας ωστόσο μια συγκεντρωτική διοίκηση που θεωρήθηκε από τους αντιπάλους του ως δικτατορική.
Οι ηθικοί αυτουργοί της δολοφονίας του συχνά αναζητούνται πέρα από τους φυσικούς δολοφόνους. Η βρετανική και η γαλλική επιρροή ήταν έντονη εκείνη την περίοδο, με τις ξένες δυνάμεις να υποδαυλίζουν την εσωτερική αντιπολίτευση για να ελέγξουν το νεοσύστατο κράτος. Οι κατηγορίες για τυραννία που εκτοξεύονταν εναντίον του Καποδίστρια συχνά έκρυβαν την επιθυμία των τοπικών ελίτ να διατηρήσουν τα προνόμιά τους, αρνούμενες την καθολικότητα της ψήφου και την κεντρική οργάνωση του κράτους. Με τον θάνατό του, η Ελλάδα έχασε την ευκαιρία να αναπτυχθεί οργανικά ως ένα αυτόνομο κράτος και οδηγήθηκε στην περίοδο της Αντιβασιλείας και της απόλυτης μοναρχίας του Όθωνα.
Η κληρονομιά του Καποδίστρια και οι συνέπειες της δολοφονίας του αντηχούν μέχρι σήμερα. Πολλοί ιστορικοί και αναλυτές θεωρούν ότι ο φόνος του σφράγισε την «περιορισμένη κυριαρχία» της χώρας, δένοντάς την στο άρμα των ξένων δανείων και της εξωτερικής εξάρτησης. Παρά τις τραγικές δυσκολίες και τις εσωτερικές συγκρούσεις, το αίτημα του ελληνισμού για εθνική υπόσταση παρέμεινε ζωντανό, δείχνοντας ότι η ταυτότητα ενός λαού δεν καθορίζεται μόνο από την καταγωγή, αλλά από τη συλλογική βούληση για ελευθερία και δικαιοσύνη.