Ο Ιωάννης Καποδίστριας ανέλαβε τη διακυβέρνηση της Ελλάδας τον Ιανουάριο του 1828, σε μια περίοδο που το κράτος υπήρχε ουσιαστικά μόνο στα χαρτιά. Με τα ταμεία να είναι σχεδόν άδεια και τη χώρα βυθισμένη στην αναρχία και το χάος, ο πρώτος Κυβερνήτης έθεσε ως άμεση προτεραιότητα τη δημιουργία βασικών δομών. Ίδρυσε την Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα και το Εθνικό Νομισματοκοπείο στην Αίγινα, προχωρώντας στην κοπή του «Φοίνικα», του πρώτου ελληνικού νομίσματος, προκειμένου να προσδώσει κύρος και οικονομική οντότητα στο νέο κράτος. Παράλληλα, οργάνωσε τακτικό στρατό και κατάφερε να εξαλείψει την πειρατεία που μάστιζε τις ελληνικές θάλασσες για αιώνες.
Το κυβερνητικό έργο του Καποδίστρια επεκτάθηκε σε όλους τους τομείς της δημόσιας ζωής. Διέαιρεσε τη χώρα σε επαρχίες, οργάνωσε τη δικαιοσύνη και τη φορολογική νομοθεσία, ίδρυσε ταχυδρομεία, νοσοκομεία και τις πρώτες βιβλιοθήκες. Ιδιαίτερη έμφαση έδωσε στη γεωργία, εισάγοντας την καλλιέργεια της πατάτας και ιδρύοντας γεωργική σχολή στην Τίρυνθα. Στον τομέα της παιδείας, ίδρυσε περισσότερα από 120 δημόσια σχολεία, πιστεύοντας ότι η εκπαίδευση αποτελεί τον ακρογωνιαίο λίθο για την ανασυγκρότηση του έθνους, ενώ έθεσε τις βάσεις για την προστασία της αρχαιολογικής κληρονομιάς ιδρύοντας το πρώτο μουσείο στην Αίγινα.
Ωστόσο, η άκαμπτη και ανιδιοτελής στάση του Καποδίστρια τον έφερε γρήγορα σε σύγκρουση με τα τοπικά συμφέροντα των προκρίτων και των κοτζαμπάσηδων. Οι ισχυρές οικογένειες της εποχής, όπως οι Μαυρομιχαλαίοι στη Μάνη και οι πλοιοκτήτες της Ύδρας, αντέδρασαν έντονα στην προσπάθεια συγκεντρωτικής διοίκησης και στην απαίτηση για καταβολή φόρων. Η αντιπολίτευση, με ηγετικές μορφές όπως ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και ο Αδαμάντιος Κοραής, κατηγόρησε τον Κυβερνήτη για απολυταρχισμό, ενώ οι ξένες δυνάμεις, κυρίως η Αγγλία και η Γαλλία, έβλεπαν στο πρόσωπό του έναν επικίνδυνα ανεξάρτητο ηγέτη με φιλορωσικές τάσεις.
Η ένταση κλιμακώθηκε με την ανταρσία της Ύδρας και την ανατίμηση του ελληνικού στόλου στον Πόρο από τον Ανδρέα Μιαούλη, μια από τις πιο μαύρες σελίδες της ιστορίας. Το μοιραίο λάθος αποδείχθηκε η φυλάκιση του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, η οποία θεωρήθηκε ύψιστη προσβολή για τη μανιάτικη τιμή. Το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831, ο Ιωάννης Καποδίστριας δολοφονήθηκε έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα στο Ναύπλιο από τον Κωνσταντίνο και τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη. Ο θάνατός του ανέκοψε μια τιτάνια προσπάθεια για ένα εθνικά ελεύθερο και οικονομικά ανεξάρτητο κράτος, αφήνοντας την Ελλάδα σε μια νέα περίοδο αστάθειας και εξωτερικής κηδεμονίας.