Ο Φραντσέσκο Μοροζίνι συνέδεσε το όνομά του με το βομβαρδισμό της Ακρόπολης. Στις 2 Σεπτεμβρίου 1687 κατέπλευσε στο Πόρτο Λεόνε, το σημερινό λιμάνι του Πειραιά, μαζί με το στόλο του. Οι χριστιανοί κάτοικοι της Αθήνας είχαν ελπίδες ότι ο Μοροζίνι θα καταφέρει να τους απελευθερώσει από τους Οθωμανούς.
Ο ναός του Παρθενώνα χρησιμοποιούνταν ως μπαρουταποθήκη από τους Οθωμανούς. Κάποιος έδωσε αυτή την πληροφορία στο Μοροζίνι. Οι Τούρκοι ήλπιζαν ότι θα σεβαστεί το μνημείο και δε θα ρίξει βολές εναντίον του. Ο Μοροζίνι δε δίστασε. Βομβάρδιζε επί τέσσερις ημέρες τον ιερό βράχο.
Παρασκευή 26 Σεπτεμβρίου 1687, επτά η ώρα το βράδυ. Ήταν η τέταρτη μέρα που ο Μοροζίνι βομβάρδισε ανηλεώς την Ακρόπολη. Μια «τυχαία βολή», όπως τη χαρακτήρισε αργότερα στην κυβέρνηση της Βενετίας, ανατίναξε τον ιερό βράχο. Μια οβίδα τρύπησε τη στέγη του Παρθενώνα και χτύπησε πεντακόσια βαρέλια πυρίτιδας.
Ένα μεγάλο τμήμα του ναού καταστράφηκε, μετά από εκατοντάδες χρόνια που άντεξε σε σεισμούς, επιθέσεις και βανδαλισμούς.
Λίγες μέρες αργότερα, στρατιώτες του αρχιστράτηγου Μοροζίνι προσπάθησαν να αφαιρέσουν ένα τμήμα της δυτικής πλευράς του ναού. Το αποτέλεσμα ήταν, πιθανότατα λόγω αδεξιότητας των στρατιωτών, το τμήμα που αποσπάστηκε να πέσει στο έδαφος και να θρυμματιστεί.
Κατάφερε όμως να αποσπάσει το άγαλμα του λιονταριού που στεκόταν στον Πειραιά, εξ ου και η ονομασία Πόρτο Λεόνε. Μέχρι και σήμερα το λιοντάρι βρίσκεται στο ναύσταθμο της Βενετίας.
Αυτή δεν ήταν η τελευταία εμφάνιση του Μοροζίνι στον ελλαδικό χώρο. Λίγα χρόνια αργότερα επέστρεψε και άφησε την τελευταία του πνοή στο Ναύπλιο.
Ο Μοροζίνι γεννήθηκε στις 26 Φεβρουαρίου 1619. Γόνος της ενετικής οικογένειας ευγενών, από μικρή ηλικία διακρίθηκε για την ανδρεία του. Σε ηλικία 36 ετών διορίζεται προσωρινά στόλαρχος των ενετικών ναυτικών δυνάμεων μετά το θάνατο του Ενετού ναυάρχου Μοτσενίγου.
Ναύαρχος του ενετικού στόλου διορίζεται ο Φοσκαρίνι, όπου μετά το θάνατό του αναλαμβάνει οριστικά την αρχηγία του στόλου ο Μοροζίνι. Τότε ξεκινάει η πορεία του σε κορυφαίο επίπεδο.
Εκείνη την περίοδο ο ελλαδικός χώρος βρισκόταν υπό την τουρκική κατοχή. Στόχος του Μοροζίνι ήταν να διώξει τους Τούρκους από το Αιγαίο.
Έτσι, ξεκίνησε τις πρώτες επιχειρήσεις του από τη Μονεμβασιά, τη Χαλκίδα, ορισμένα λιμάνια της Εύβοιας και τέλος τα Χανιά Κρήτης. Όλες οι επιχειρήσεις απέτυχαν. Εξαιτίας αυτών των αποτυχιών, επεμβαίνει ένας υφιστάμενος του Μοροζίνι, ονόματι Μπαρμπάρο . Τον κατηγόρησε για αναξιότητα και απαίτησε από την κυβέρνηση της Βενετίας να τον ανακαλέσουν. Ο Μπαρμπάρο απέτυχε, καθώς ο Μοροζίνι απαλλάχθηκε από όλες τις κατηγορίες του.
Ο Μοροζίνι στον Κρητικό πόλεμο
1645. Αρχίζει ο πέμπτος ενετοτουρκικός πόλεμος, γνωστός ως μεγάλος πόλεμος, μεταξύ της δημοκρατίας της Βενετίας και της οθωμανικής αυτοκρατορίας.
Εξελίσσεται κυρίως έξω από τα τείχη του Χάνδακα, το σημερινό Ηράκλειο αλλά και στο Αιγαίο.
Οι θανατηφόρες μάχες κορυφώνονται κατά την πολιορκία του Χάνδακα.
Τότε η ενετική κυβέρνηση αποφάσισε το Δεκέμβριο του 1666 να στείλει τον αρχιστράτηγο, πλέον, Μοροζίνι. Μετά από 25 χρόνια συγκρούσεων και πολλές απώλειες χριστιανών και μουσουλμάνων, ο Μοροζίνι επεμβαίνει. Στις 27 Σεπτεμβρίου 1669 παίρνει πρωτοβουλία, συνθηκολογεί και παραδίδει την πόλη στην Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Με την επιστροφή του στη Βενετία, λόγω αυτής της πρωτοβουλίας του, κατηγορήθηκε για δειλία και προδοσία. Διεξάγεται μια δίκη όπου ο Μοροζίνι αθωώνεται. Με την κήρυξη του έκτου ενετοτουρκικού πολέμου το 1684, ο Μοροζίνι είναι πάλι αρχηγός των ενόπλων δυνάμεων.
Ήταν προφανές ότι επιβίωνε σε όλες τις καταστάσεις, είτε έχανε στο πεδίο της μάχης είτε όχι.
Ο Μοροζίνι έδρασε και στην Κρήτη
Η δράση του Μοροζίνι στον έκτο ενετοτουρκικό πόλεμο
1685. Ο Μοροζίνι είναι διοικητής του ενετικού στόλου. Προσεγγίζει την Κέρκυρα και 2.000 Έλληνες κερκυραίοι εθελοντές ενισχύουν το στόλο του. Αφού κυριεύει τη Λευκάδα, στρέφεται προς τα κάστρα της Πελοποννήσου. Εκεί οι επιτυχίες του ήταν συνεχείς. Μετά τη λεηλασία του τουρκοκρατούμενου κάστρου της Κορώνης, σταματά για πολεμικό συμβούλιο στη Μεθώνη. Στο συμβούλιο αυτό αποφάσισαν να μεταβούν άμεσα στο Μυστρά και στο Ναύπλιο.
Αφού φτάνουν στο Γύθειο, ο Μοροζίνι αφήνει το στόλο του να καταλάβει το Μυστρά και συνεχίζει την πορεία του προς τη Μονεμβασιά και το Τολό.
Εκεί στις 25 Ιουλίου 1686 αποβιβάζεται το μεγαλύτερο μέρος του στόλου του, επιτίθενται στο Άργος και καταλαμβάνουν το Παλαμήδι.
Χάρη στις νίκες του το επόμενο έτος, όπου κατέλαβε όλα τα κάστρα, απελευθερώθηκε όλη η Πελοπόννησος, πέραν της Μονεμβασιάς. Ακολούθησε κι άλλο πολεμικό συμβούλιο. Το θέμα του ήταν η διασφάλιση της Πελοποννήσου με την κατάκτηση της Κορίνθου. Υπήρχε και δεύτερη επιλογή, αυτή της προσπάθειας να καταλάβουν ξανά την Αθήνα. Ο Βενετός αρχιστράτηγος επιλέγει την ανακατάληψη της Αθήνας. Εκεί γίνεται ο καταστρεπτικός βομβαρδισμός του Παρθενώνα.
Μετά από αυτή την αποτυχία, έρχεται και η εξάπλωση πανώλης. Μεταδόθηκε από ένα γαλλικό πλοίο στο Ναύπλιο και στο στρατό του Μοροζίνι.
Η Γερουσία της Βενετίας όμως εκτίμησε τις νίκες του Μοροζίνι στην Πελοπόννησο και του απένειμε τον τίτλο «Πελοποννησιακός».
Ο Μοροζίνι κηρύσσεται Δόγης από τη βενετική δημοκρατία
3 Απριλίου 1688. Ο Φραντσέσκο Μοροζίνι ανακηρύσσεται Δόγης από τη Γαληνότατη Δημοκρατία της Βενετίας, ενώ βρισκόταν στον Πόρο με το στόλο του. Λίγες μέρες μετά καταπλέει στον Πόρο η γαλέρα «Βουκένταυρος» προκειμένου να μεταφέρει τα σύμβολα του αξιώματος του Δόγη στο Μοροζίνι. Έτσι, επιβιβάζεται σε αυτό και επιστρέφει στη Βενετία.
Παρά το γεγονός ότι έγινε Δόγης, δε σταμάτησε να ενδιαφέρεται για την Πελοπόννησο και όσα συνέβαιναν εκεί.
Για πολλές από τις νίκες των Βενετών είχαν μερίδιο ευθύνης οι Έλληνες και η σημαντική τους βοήθεια. Οι Βενετοί αποφασίζουν να εφαρμόσουν πιο φιλελληνική πολιτική. Έτσι, αποφυλακίζουν τον κουρσάρο Λιμπεράκη Γερακάκη και τον ορίζουν μπέη της Μάνης.
Ο Μοροζίνι στις 24 Μαΐου 1693, σε ηλικία 75 ετών, επιβιβάζεται και πάλι στο «Βουκένταυρο» με προορισμό αρχικά το Ναύπλιο και μετά το Τολό.
Ο Μοροζίνι έπασχε από χρόνια λιθίαση, δηλαδή πέτρες σε διάφορα ζωτικά όργανά του. Ενώ βρισκόταν στο λιμάνι της Καρύστου, η κατάσταση της υγείας του επιδεινώθηκε. Αμέσως απέπλευσε για το Ναύπλιο εσπευσμένα. Στις 27 Δεκεμβρίου 1693, σε ηλικία 75 ετών, ο Φραντσέσκο Μοροζίνι πέθανε και ταριχεύτηκε.
Το πτώμα του μεταφέρθηκε στη Βενετία και τοποθετήθηκε σε κρύπτη του ναού Αγίου Στεφάνου των Αυγουστίνων στις 16 Ιανουαρίου 1694. Στο μνημείο του χαράχθηκε η επιγραφή «Francisco Mavroceno Peloponneciaco. Senatus 1694 («Φραγκίσκω Μαυρογένη τω Πελοποννησιακώ η Γερουσία έτει 1694»).