Η ενδογαμία, δηλαδή η αναπαραγωγή μεταξύ στενών συγγενών για πολλές γενιές, αποτελεί ένα φαινόμενο που συναντάται σε διάφορες περιόδους της ανθρώπινης ιστορίας, άλλοτε λόγω γεωγραφικής απομόνωσης και άλλοτε για τη διατήρηση της εξουσίας και του πλούτου. Αν και σε μεμονωμένες περιπτώσεις η αναπαραγωγή μεταξύ μακρινών συγγενών δεν προκαλεί απαραίτητα προβλήματα, η συστηματική αιμομιξία οδηγεί συχνά σε μια «γενετική καταστροφή». Αυτό συμβαίνει επειδή αυξάνονται δραματικά οι πιθανότητες εμφάνισης σπάνιων υπολειπόμενων γονιδίων, τα οποία ευθύνονται για σοβαρές συγγενείς ανωμαλίες και ασθένειες.
Ένα από τα πιο χαρακτηριστικά παραδείγματα γεωγραφικής απομόνωσης είναι η οικογένεια Fugate από το Κεντάκι των ΗΠΑ, γνωστοί και ως οι «Μπλε Άνθρωποι». Λόγω ενός σπάνιου υπολειπόμενου γονιδίου και των συνεχών γάμων μεταξύ συγγενών σε μια απομονωμένη περιοχή για πάνω από 200 χρόνια, πολλά μέλη της οικογένειας γεννιόντουσαν με κυανό δέρμα. Η επιστήμη εξήγησε αργότερα ότι έπασχαν από μεθαιμοσφαιριναιμία, μια κατάσταση που καθιστά το αίμα λιγότερο ικανό να μεταφέρει οξυγόνο, δίνοντας στο δέρμα αυτή την απόκοσμη απόχρωση. Αντίστοιχα, στην περιοχή Allentown της Νέας Υόρκης, η απομόνωση οδήγησε σε παρόμοιες καταστάσεις, με τους κατοίκους να ζουν σε πρωτόγονες συνθήκες μέχρι πρόσφατα.
Στον αντίποδα της φτώχειας, οι βασιλικές δυναστείες χρησιμοποίησαν την ενδογαμία ως πολιτικό εργαλείο. Η δυναστεία των Αψβούργων, που κυβέρνησε μεγάλο μέρος της Ευρώπης, έγινε διαβόητη για το «σαγόνι των Αψβούργων», μια έντονη παραμόρφωση της κάτω γνάθου που καθιστούσε δύσκολη την ομιλία και τη μάσηση. Η κατάσταση κορυφώθηκε με τον Κάρολο Β' της Ισπανίας, ο οποίος ήταν τόσο επιβαρυμένος γενετικά που δεν μπορούσε να περπατήσει μέχρι τα τέσσερα έτη του, ενώ η ανικανότητά του να αποκτήσει κληρονόμους οδήγησε τελικά στην κατάρρευση της δυναστείας.
Ακόμα πιο πίσω στον χρόνο, οι Φαραώ της Αρχαίας Αιγύπτου θεωρούσαν τους εαυτούς τους ζωντανούς θεούς και απαγόρευαν την ανάμειξη με «κοινούς θνητούς», οδηγώντας σε ακραίες περιπτώσεις αιμομιξίας μεταξύ αδελφών. Ο διάσημος βασιλιάς Τουταγχαμών ήταν προϊόν τέτοιων ενώσεων, με αποτέλεσμα να υποφέρει από σχιστία υπερώας, προβλήματα στη σπονδυλική στήλη και μια παραμόρφωση στο πόδι που τον ανάγκαζε να χρησιμοποιεί μπαστούνι. Είναι εντυπωσιακό το γεγονός ότι για μεγάλο μέρος της ανθρώπινης ιστορίας, εκείνοι που κατείχαν την απόλυτη εξουσία ήταν συχνά οι πιο γενετικά επιβαρυμένοι άνθρωποι στον πλανήτη.