Τον Φεβρουάριο του 2003, κατά τη διάρκεια μιας συνάντησης στο Κρεμλίνο που μεταδόθηκε ζωντανά από την τηλεόραση, ο Μιχαήλ Χοντορκόφσκι, ο πλουσιότερος άνθρωπος της Ρωσίας και διευθύνων σύμβουλος του πετρελαϊκού κολοσσού Yukos, προέβη σε μια κίνηση που θα άλλαζε τη ζωή του για πάντα. Αντί να περιοριστεί σε γενικόλογες αναφορές για τη διαφθορά, όπως αναμενόταν, κατηγόρησε ευθέως την κυβέρνηση του Βλαντιμίρ Πούτιν για συγκάλυψη οικονομικών σκανδάλων στο υψηλότερο επίπεδο. Η αντίδραση του Ρώσου Προέδρου ήταν άμεση και οργισμένη, αντεπιτιθέμενος με υπαινιγμούς για τις φορολογικές εκκρεμότητες της ίδιας της Yukos, θέτοντας ουσιαστικά τον Χοντορκόφσκι στο στόχαστρο του κράτους.
Η πίεση προς τον Χοντορκόφσκι και τους συνεργάτες του κλιμακώθηκε ραγδαία τους επόμενους μήνες, με διαδοχικές έρευνες και συλλήψεις στελεχών της εταιρείας του. Παρά τις προειδοποιήσεις φίλων και συμβούλων του να εγκαταλείψει τη χώρα, ο ίδιος επέλεξε να μείνει, ελπίζοντας στην ολοκλήρωση μιας συμφωνίας με την αμερικανική ExxonMobil που θα παρείχε στη Yukos διεθνή προστασία. Ωστόσο, για το Κρεμλίνο, η προοπτική αμερικανικού ελέγχου σε έναν από τους μεγαλύτερους παραγωγούς πετρελαίου της Ρωσίας αποτελούσε εθνική απειλή. Τον Οκτώβριο του 2003, το ιδιωτικό τζετ του Χοντορκόφσκι ακινητοποιήθηκε στο Νοβοσιμπίρσκ και ο ίδιος συνελήφθη από ένοπλους άνδρες των ειδικών δυνάμεων Spetsnaz.
Η δικαστική περιπέτεια που ακολούθησε χαρακτηρίστηκε από πολλούς ως πολιτικά υποκινούμενη. Ο Χοντορκόφσκι βρέθηκε αντιμέτωπος με βαρύτατες κατηγορίες για απάτη, υπεξαίρεση και φοροδιαφυγή, ενώ η δίκη διεξήχθη σε κλίμα που περιόριζε τα δικαιώματα της υπεράσπισης. Το 2005 καταδικάστηκε σε εννέα χρόνια κάθειρξης, ενώ η Yukos οδηγήθηκε σε χρεοκοπία και τα περιουσιακά της στοιχεία απορροφήθηκαν από την κρατική Rosneft. Λίγο πριν την αποφυλάκισή του, του απαγγέλθηκαν νέες κατηγορίες, οδηγώντας σε μια πρόσθετη καταδίκη που θα τον κρατούσε στη φυλακή μέχρι το 2017. Μέσα σε ελάχιστο χρόνο, ο ισχυρότερος ολιγάρχης έχασε μια περιουσία 15 δισεκατομμυρίων δολαρίων και την ελευθερία του.
Η απελευθέρωση του Χοντορκόφσκι ήρθε αναπάντεχα τον Δεκέμβριο του 2013, λίγο πριν τους Χειμερινούς Ολυμπιακούς Αγώνες του Σότσι, όταν ο Πούτιν του απένειμε χάρη σε μια προσπάθεια βελτίωσης της διεθνούς εικόνας της Ρωσίας. Μετά από δέκα χρόνια σε σωφρονιστικές αποικίες, ο Χοντορκόφσκι εγκατέλειψε τη χώρα και έκτοτε ζει στην εξορία. Σήμερα παραμένει ένας από τους πιο ένθερμους επικριτές του Πούτιν, χρηματοδοτώντας ανεξάρτητα μέσα ενημέρωσης και υποστηρίζοντας την αντιπολίτευση, με την ελπίδα να επιστρέψει κάποια μέρα σε μια δημοκρατική Ρωσία. Η ιστορία του παραμένει μια ζοφερή υπενθύμιση των συνεπειών που έχει η δημόσια αμφισβήτηση της εξουσίας στη σύγχρονη Ρωσία.