Η σταύρωση δεν ήταν απλώς μια μέθοδος εκτέλεσης. Ήταν η αποκορύφωση της στρεβλής ρωμαϊκής ιδιοφυΐας, σχεδιασμένη ως ο πιο αργός, βασανιστικός και εξευτελιστικός θάνατος που γνώρισε η ιστορία. Ο στόχος ήταν διπλός: να εξοντώσει τον εχθρό και να αποτελέσει ένα παράλυτικό δημόσιο θέαμα που θα κατέστειλε κάθε σκέψη εξέγερσης. Οι ιστορικές περιγραφές και, κυρίως, μια σπάνια αρχαιολογική ανακάλυψη του 1968 στα Ιεροσόλυμα, τα λείψανα του Ιωάννη Μπεν Χάγκκολ (ή Γιοχανανάν), επιβεβαίωσαν την απόλυτη φρίκη αυτής της τιμωρίας, αποκαλύπτοντας ένα καρφί μέσα από τη φτέρνα και κατάγματα στα πόδια του.
Η δοκιμασία ξεκινούσε πολύ πριν τοποθετηθεί κανείς στον σταυρό. Ο καταδικασμένος, συνήθως ένας πολιτικός επαναστάτης όπως ο Ιωάννης, υποχρεωνόταν να περιμένει στη φυλακή, όχι για να «συμφιλιωθεί με τον Θεό του», αλλά για να δοθεί χρόνος στη ρωμαϊκή διοίκηση να οργανώσει το δημόσιο μαρτύριο. Το πρώτο στάδιο, η μαστίγωση (scourging), ήταν η ίδια μια εμπειρία θανάτου. Ο κατάδικος δεσμευόταν σε έναν πάσσαλο, γυμνός από τη μέση και πάνω, και ένας δήμιος (lictor) τον χτυπούσε επανειλημμένα με ένα flagrum, ένα μαστίγιο με κομμάτια οστών, αιχμές ή αγκίστρια ψαριών στα άκρα του. Τα χτυπήματα ήταν τόσο βίαια που ξεσκίζονταν κομμάτια δέρματος, μυών και λίπους, αποκαλύπτοντας συχνά τα πλευρά. Η μαστίγωση προκαλούσε σοκ και αφόρητη απώλεια αίματος, με πολλούς να πεθαίνουν επιτόπου από την ένταση του τραύματος, όμως ο Ιωάννης, όπως και άλλοι, έπρεπε να επιβιώσει για να αντιμετωπίσει τη συνέχεια.
Μετά τη μαστίγωση, ο καταδικασμένος, αδύναμος και πλημμυρισμένος από αίμα, αναγκαζόταν να σύρει το patibulum, το οριζόντιο δοκάρι του σταυρού, το οποίο ζύγιζε περίπου 60 κιλά, μέχρι τον τόπο της εκτέλεσης. Ένα titulus, μια ταμπέλα που ανέγραφε το όνομά του και το έγκλημά του, κρεμόταν από τον λαιμό του για επιπλέον δημόσιο εξευτελισμό. Ο λόγος που οι άνθρωποι δεν αντιστέκονταν σε αυτή την τρομακτική πορεία, παρόλο που ένας γρήγορος θάνατος από αντίσταση θα ήταν λιγότερο επώδυνος, ήταν τριπλός: πρώτον, η σωματική εξάντληση και το σοκ μετά τη μαστίγωση καθιστούσαν αδύνατη την ενεργή αντίσταση. Δεύτερον, η αντίσταση σήμαινε ότι οι οικογένειες και οι φίλοι τους θα υπέστησαν την ίδια μοίρα ως αντίποινα. Τρίτον, οι δήμιοι είχαν εντολή να μην σκοτώσουν τον κατάδικο, αλλά να τον ακινητοποιήσουν και να κάνουν το μαρτύριό του ακόμα χειρότερο.
Στον τόπο της εκτέλεσης, ο κατάδικος γδυνόταν εντελώς για πρόσθετο εξευτελισμό και απλωνόταν στο εγκάρσιο δοκάρι (patibulum). Τα καρφιά δεν τοποθετούνταν στις παλάμες, καθώς τα οστά των χεριών δεν θα άντεχαν το βάρος του σώματος, αλλά στους καρπούς, ανάμεσα στα οστά της κερκίδας και της ωλένης. Αυτό το σφυροκόπημα όχι μόνο συνέτριβε τα οστά αλλά συχνά παγίδευε τα νεύρα, προκαλώντας μια ηλεκτρισμένη, αφόρητη οδύνη. Τα πόδια καρφώνονταν συχνά στο πλάι, κοντά στη φτέρνα, επιτρέποντας στον εγκληματία να στηρίζεται σε μια μικρή πλατφόρμα, το sedile, ώστε να μην καταρρεύσει αμέσως.
Μόλις ο σταυρός υψωνόταν, άρχιζε το πραγματικό βασανιστήριο: ο αργός θάνατος από ασφυξία. Η θέση του σώματος προκαλούσε αφόρητη πίεση στο στήθος και τους πνεύμονες, καθιστώντας αδύνατη την εισπνοή. Για να πάρει έστω και μία αναπνοή, ο κατάδικος έπρεπε να ωθήσει τον εαυτό του προς τα πάνω, σπρώχνοντας με τα καρφωμένα του πόδια και τραβώντας με τους καρφωμένους καρπούς. Κάθε τέτοια ανοδική κίνηση ξέσχιζε το ήδη ανοιγμένο από τη μαστίγωση δέρμα της πλάτης του πάνω στην τραχιά επιφάνεια του ξύλου. Αυτός ο κύκλος αγωνιώδους αναπνοής και παθητικής ασφυξίας συνεχιζόταν για ώρες, μερικές φορές και για ημέρες, μέχρι ο θάνατος να επέλθει από εξάντληση, καρδιακή ανακοπή ή ασφυξία.
Η μόνη πράξη που μπορούσε να επισπεύσει τον θάνατο, που ορισμένοι θεωρούσαν ως μια μορφή «βάρβαρης ευσπλαχνίας», ήταν το σπάσιμο των ποδιών (crucifragium). Αν ο σταυρωμένος αργούσε να πεθάνει, οι Ρωμαίοι έσπαγαν τα πόδια του με ένα μεγάλο μαλέτο. Αυτό τον καθιστούσε ανίκανο να σπρώξει τον εαυτό του προς τα πάνω για να αναπνεύσει, επιταχύνοντας έτσι την ασφυξία και τον θάνατο. Τα κατάγματα στα πόδια του Ιωάννη υποδηλώνουν ότι έλαβε αυτή την «τελευταία χάρη». Τελικά, η σταύρωση ήταν μια σκόπιμη επίδειξη εξουσίας: οι σοροί μπορούσαν να αφεθούν να σαπίσουν δημόσια για μήνες, όπως συνέβη με 6.000 σκλάβους κατά μήκος της Αππίας Οδού μετά την εξέγερση του Σπάρτακου, ως μια σαφής και φρικιαστική προειδοποίηση για όποιον τολμούσε να αμφισβητήσει τη βούληση της Ρώμης.