Η σχέση των διαδόχων του Καποδίστρια με την παραδοσιακή ελίτ (κοτζαμπάσηδες, προύχοντες, οπλαρχηγούς) είναι ένα από τα πιο συναρπαστικά κεφάλαια της νεοελληνικής ιστορίας. Ενώ ο Καποδίστριας προσπάθησε να τους παρακάμψει ή να τους υποτάξει σε ένα κεντρικό κράτος (γεγονός που οδήγησε στη δολοφονία του), οι επόμενοι κυβερνήτες —κυρίως η Βαυαρική Αντιβασιλεία και ο Όθωνας— ακολούθησαν μια πιο σύνθετη στρατηγική: της ενσωμάτωσης, του ελέγχου και του συμβιβασμού.
Το 1833, όταν έφτασε ο ανήλικος Όθωνας με τους Βαυαρούς Αντιβασιλείς Άρμανσμπεργκ, Μάουρερ, Έιντεκ, η χώρα βρισκόταν σε χαώδη κατάσταση. Η στάση τους απέναντι στους κοτζαμπάσηδες ήταν διττή: Ο Μάουρερ, ως νομικός, ήθελε να φτιάξει ένα δυτικό κράτος εκ του μηδενός. Κατήργησε τις παραδοσιακές Δημογεροντίες, τα τοπικά συμβούλια όπου κυριαρχούσαν οι προύχοντες επί Τουρκοκρατίας. Στη θέση τους ίδρυσε τους Δήμους με το διάταγμα του 1833. Ο στόχος ήταν να σπάσει η τοπική εξουσία των κοτζαμπάσηδων και να εξαρτώνται όλοι από την κεντρική κυβέρνηση. Όμως, ενώ θεσμικά τους αποδυνάμωναν, πολιτικά ο Άρμανσμπεργκ κατάλαβε ότι δεν μπορούσε να κυβερνήσει εναντίον τους. Έτσι, συμμάχησε με συγκεκριμένες φατρίες (κυρίως του «Αγγλικού Κόμματος» και τους παλιούς εχθρούς του Καποδίστρια) για να διατηρήσει την εξουσία του, δίνοντάς τους θέσεις στο στράτευμα και την αυλή. Το αποτέλεσμα; Οι κοτζαμπάσηδες έχασαν την αυτόνομη φοροεισπρακτική και δικαστική τους εξουσία, αλλά άρχισαν να καταλαμβάνουν θέσεις στον νέο κρατικό μηχανισμό.
Το 1835, όταν ο Όθωνας ανέλαβε την εξουσία, η στάση του απέναντι στα "τζάκια" άλλαξε μορφή. Δεν προσπάθησε να τους εξοντώσει όπως ο Καποδίστριας, αλλά να τους μετατρέψει σε αυλικούς. Ο Όθωνας προσπάθησε να αναμείξει τους Βαυαρούς τεχνοκράτες με τους Έλληνες προύχοντες. Έδωσε τίτλους (όπως του "Συμβούλου της Επικρατείας"), παράσημα και θέσεις στην Αυλή στους ισχυρούς κοτζαμπάσηδες. Αναγκάζοντας τους προύχοντες να μετακομίσουν στη νέα πρωτεύουσα, την Αθήνα, για να βρίσκονται κοντά στην εξουσία, τους απέκοψε από την άμεση επαφή με την αγροτική τους βάση. Έτσι, τους μετέτρεψε σιγά-σιγά από τοπικούς άρχοντες σε κρατικούς λειτουργούς που εξαρτώνταν από την εύνοια του Παλατιού.
Η Επανάσταση της 3ης Σεπτεμβρίου 1843 είναι το σημείο καμπής. Η στάση του Όθωνα να συγκεντρώνει την εξουσία (και να αποκλείει πολλούς παλιούς αγωνιστές και προύχοντες από τα αξιώματα υπέρ των Βαυαρών) οδήγησε στην εξέγερση.
Η Επανάσταση του 1843 δεν ήταν λαϊκή εξέγερση με τη σημερινή έννοια. Ήταν μια συμμαχία κοτζαμπάσηδων και στρατιωτικών για να ανακτήσουν την πολιτική εξουσία μέσω ενός Συντάγματος. Με το Σύνταγμα του 1844, οι προύχοντες πέτυχαν τον στόχο τους: Η εξουσία δεν πήγαζε πια μόνο από τον Βασιλιά, αλλά και από τη Βουλή και τη Γερουσία, σώματα τα οποία έλεγχαν απόλυτα οι ίδιοι μέσω των πελατειακών σχέσεων.
Μετά το 1844, και ειδικά με την πρωθυπουργία του Ιωάννη Κωλέττη, η σχέση Κράτους-Κοτζαμπάσηδων παίρνει την τελική της μορφή για τον 19ο αιώνα. Οι παλιοί κοτζαμπάσηδες μεταλλάχθηκαν σε Βουλευτές. Αντί να μαζεύουν φόρους για τον εαυτό τους (όπως επί Τουρκοκρατίας), τώρα αντάλλασσαν ψήφους με διορισμούς στο δημόσιο (ρουσφέτι). Ο Κωλέττης, ως πρωθυπουργός, δεν πολέμησε αυτό το σύστημα. Αντιθέτως, το τελειοποίησε. Κυβέρνησε συνεργαζόμενος απόλυτα με τους τοπικούς προύχοντες, νομιμοποιώντας την εξουσία τους μέσα στο συνταγματικό πλαίσιο. Έτσι εδραιώθηκε το λεγόμενο πελατειακό σύστημα.
Επομένως, οι διάδοχοι του Καποδίστρια κατάλαβαν ότι δεν μπορούσαν να διοικήσουν την Ελλάδα χωρίς τους κοτζαμπάσηδες. Αντί να τους πολεμήσουν μέτωπο με μέτωπο (όπως ο Καποδίστριας), επέλεξαν να τους θεσμοθετήσουν. Οι κοτζαμπάσηδες έχασαν την τοπική αυτονομία τους, δεν ήταν πια μικροί τοπικοί άρχοντες, αλλά κέρδισαν κάτι μεγαλύτερο: έγιναν η μόνιμη πολιτική ελίτ του νέου κράτους, ελέγχοντας τον κρατικό μηχανισμό, το κοινοβούλιο και τους διορισμούς.