Η ναζιστική ιδεολογία δεν ήταν απλώς ένα σύνολο μισαλλόδοξων πεποιθήσεων, αλλά ένα οργανωμένο σύστημα εξόντωσης που εξελίχθηκε με βάση τις ανάγκες του πολέμου και της κατοχής. Από το 1939 και μετά, οι ναζιστικές πολιτικές απέκτησαν πρωτοφανή χαρακτηριστικά βίας, καθώς το καθεστώς έπρεπε να διαχειριστεί εκατομμύρια ανθρώπους στα κατεχόμενα εδάφη της Ανατολικής Ευρώπης. Μέσα από προγράμματα όπως η Επιχείρηση T4, η οποία αποτέλεσε τη βάση για όλα τα μεταγενέστερα εγκλήματα, οι Ναζί άρχισαν να πειραματίζονται με μεθόδους μαζικής δολοφονίας, στοχεύοντας αρχικά τους ψυχικά ασθενείς και τα άτομα με αναπηρία. Αυτό το πρόγραμμα ακούσιας ευθανασίας εισήγαγε για πρώτη φορά τη χρήση θαλάμων αερίων, μια τεχνολογία που αργότερα θα χρησιμοποιούνταν σε ευρεία κλίμακα στο Ολοκαύτωμα.
Η εξέλιξη των μεθόδων θανάτωσης περιλάμβανε και τη χρήση των διαβόητων φορτηγών αερίων, τα οποία χρησιμοποιήθηκαν ως μια πιο «κινητή» και μυστική λύση σε σχέση με τους στατικούς θαλάμους. Ο Χέρμπερτ Λάνγκε, επικεφαλής αυτών των επιχειρήσεων στην Πολωνία, χρησιμοποίησε φορτηγά που έμοιαζαν με οχήματα διανομής καφέ για να δολοφονεί τα θύματά του κατά τη διάρκεια της μεταφοράς τους. Αυτή η μέθοδος εφαρμόστηκε εκτενώς στο στρατόπεδο εξόντωσης Χέλμνο, όπου υπολογίζεται ότι έχασαν τη ζωή τους περίπου 200.000 άνθρωποι. Παράλληλα, στο στρατόπεδο Ράβενσμπουργκ, οι Ναζί διεξήγαγαν φρικτά ιατρικά πειράματα σε γυναίκες, προκαλώντας τους πληγές και μολύνσεις για να δοκιμάσουν νέα φάρμακα, θεωρώντας τις ζωές τους υποδεέστερες και αναλώσιμες.
Η Επιχείρηση Ράινχαρντ αποτέλεσε το πιο θανατηφόρο σχέδιο των Ναζί για την εξόντωση των Εβραίων της Πολωνίας, με τη δημιουργία στρατοπέδων όπως η Τρεμπλίνκα, το Μπέλζεκ και το Σομπιμπόρ. Σε αυτά τα στρατόπεδα, ο μοναδικός σκοπός ήταν ο φόνος, με τα θύματα να οδηγούνται στους θαλάμους αερίων αμέσως μετά την άφιξή τους, υπό το πρόσχημα της απολύμανσης. Η βαρβαρότητα αυτή κορυφώθηκε με τη λεγόμενη «Γιορτή του Θερισμού» το 1943, μια μαζική σφαγή όπου μέσα σε μόλις δύο ημέρες δολοφονήθηκαν περισσότεροι από 40.000 άνθρωποι. Αυτή η επιχείρηση έδειξε ότι το καθεστώς δεν αναζητούσε πλέον μόνο «χρήσιμους» εργάτες, αλλά την ολοκληρωτική εξάλειψη ολόκληρων πληθυσμών.
Προς το τέλος του πολέμου, η ναζιστική ηγεσία προσπάθησε να καλύψει τα ίχνη των εγκλημάτων της μέσω της Επιχείρησης 1005. Εβραίοι κρατούμενοι αναγκάστηκαν να ξεθάψουν και να κάψουν χιλιάδες πτώματα από ομαδικούς τάφους σε όλη την Ευρώπη, ώστε να μην μείνει κανένα στοιχείο για τις μελλοντικές γενιές. Ωστόσο, η ταχύτητα της σοβιετικής προέλασης και ο τεράστιος όγκος των νεκρών κατέστησαν αυτή την προσπάθεια σε μεγάλο βαθμό ανεπιτυχή. Οι αποκαλύψεις που ακολούθησαν την απελευθέρωση των στρατοπέδων απέδειξαν στον κόσμο την αληθινή φύση αυτών των «πειραμάτων» και επιχειρήσεων, αφήνοντας μια ανεξίτηλη κηλίδα στην ιστορία της ανθρωπότητας.