Η σοβιετική παρουσία στο Αφγανιστάν μεταξύ 1979 και 1989 παραμένει μια από τις πιο αιματηρές και σκοτεινές περιόδους της σύγχρονης ιστορίας, κερδίζοντας επάξια για τη χώρα τον τίτλο του «Νεκροταφείου των Αυτοκρατοριών». Αυτό που ξεκίνησε ως μια υποτιθέμενη επιχείρηση υποστήριξης ενός φιλικού κομμουνιστικού καθεστώτος, εξελίχθηκε γρήγορα σε έναν ολοκληρωτικό πόλεμο εναντίον των Μουτζαχεντίν αλλά και του ίδιου του αφγανικού λαού. Η σοβιετική στρατηγική βασίστηκε στην υπεροχή της ισχύος πυρός, η οποία όμως αποδείχθηκε ανεπαρκής απέναντι σε έναν εχθρό που ήταν ενσωματωμένος στον τοπικό πληθυσμό, οδηγώντας σε ακραίες βιαιότητες και συστηματικές επιθέσεις κατά αμάχων.
Οι αναφορές από την περίοδο εκείνη αποκαλύπτουν μια κουλτούρα ανομίας και παράνοιας στις τάξεις του σοβιετικού στρατού. Η πολιτική του «πυροβολώ πρώτα και ρωτάω μετά» οδήγησε σε αναρίθμητα περιστατικά όπου ολόκληρα χωριά ισοπεδώθηκαν ως αντίποινα για επιθέσεις ανταρτών. Στρατιώτες και πιλότοι ελικοπτέρων έχουν περιγράψει σοκαριστικές σκηνές, όπως την εκτέλεση πληγωμένων παιδιών και την πυρπόληση οχημάτων με αμάχους για την κάλυψη στοιχείων. Η συλλογική τιμωρία χωριών όπως το Παδουά Μπασάνα, όπου οι Σοβιετικοί έκαψαν ζωντανούς ανθρώπους μέσα σε αρδευτικά κανάλια, αποτελεί ένα μόνο παράδειγμα της φρίκης που βίωσαν οι κάτοικοι της υπαίθρου.
Εκτός από τις μαζικές δολοφονίες, οι αφγανικές κοινότητες υπέφεραν από εκτεταμένες λεηλασίες και σεξουαλική βία. Οι Σοβιετικοί στρατιώτες, συχνά κακοπληρωμένοι και χωρίς αυστηρή επίβλεψη, επιδίδονταν σε «ελεύθερο κυνήγι», κλέβοντας τα πάντα, από τρόφιμα μέχρι πολύτιμα αντικείμενα, και εκτελώντας όποιον τολμούσε να αντισταθεί. Ο βιασμός χρησιμοποιήθηκε επίσης ως εργαλείο τρομοκρατίας, προκαλώντας τεράστιο κοινωνικό στίγμα στις γυναίκες των συντηρητικών αφγανικών κοινοτήτων. Επιπλέον, οι συστηματικοί βομβαρδισμοί υποδομών όπως γέφυρες και κανάλια ύδρευσης ανάγκασαν εκατομμύρια ανθρώπους να εγκαταλείψουν τις εστίες τους, δημιουργώντας μια τεράστια προσφυγική κρίση προς το Πακιστάν και το Ιράν.
Παρά τη σοβαρότητα αυτών των εγκλημάτων, η σοβιετική κυβέρνηση επέβαλε μια πρωτοφανή λογοκρισία, παρουσιάζοντας τους στρατιώτες ως ειρηνοποιούς και κρύβοντας τον πραγματικό αριθμό των νεκρών ακόμα και από τις οικογένειές τους στη Ρωσία. Οι επιστρέφοντες βετεράνοι αντιμετωπίστηκαν με καχυποψία, ενώ τα επίσημα έγγραφα παραμένουν σφραγισμένα μέχρι σήμερα. Η κληρονομιά αυτής της δεκαετίας είναι τραγική: έως και 2,5 εκατομμύρια Αφγανοί έχασαν τη ζωή τους, ενώ οι τακτικές που χρησιμοποιήθηκαν τότε φαίνεται να επαναλήφθηκαν σε μεταγενέστερες ρωσικές επεμβάσεις, αποδεικνύοντας ότι τα μαθήματα του Αφγανιστάν δεν έγιναν ποτέ πλήρως αντιληπτά από την ηγεσία της Μόσχας.