Στην Οθωμανική Αυτοκρατορία δεν υπήρξε ποτέ ενιαίο και καθολικό εκπαιδευτικό σύστημα, ούτε ειδική κρατική μέριμνα για την παιδεία. Τα σχολεία λειτουργούσαν υπό το αυστηρό καθεστώς που όριζε κάθε φορά ο Σουλτάνος, ενώ η εκπαίδευση των χριστιανών υπηκόων –ιδιαίτερα των Ελλήνων– εξαρτιόταν σε μεγάλο βαθμό από την Ορθόδοξη Εκκλησία και το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Το Πατριαρχείο είχε εξασφαλίσει άδεια από την Υψηλή Πύλη για τη λειτουργία εκκλησιαστικών σχολείων, κυρίως για την κατάρτιση μελλοντικών κληρικών, με ύλη περιορισμένη στη μελέτη του Ευαγγελίου και θρησκευτικών κειμένων. Μαθήματα όπως η γυμναστική απαγορεύονταν ρητά, καθώς θεωρούνταν στρατιωτική άσκηση, ενώ τα θετικά μαθήματα –φυσική, χημεία– αντιμετώπιζαν καχυποψία λόγω πιθανής χρήσης πειραμάτων για κατασκευή εκρηκτικών.
Στην πράξη, η πολιτική δεν ήταν ενιαία. Σε ορισμένες επαρχίες οι Οθωμανοί αξιωματούχοι ήταν ιδιαίτερα σκληροί και δυσκόλευαν το έργο των δασκάλων, ενώ σε άλλες επέδειξαν μεγαλύτερη ανεκτικότητα. Το πρόγραμμα κάθε σχολείου εξαρτιόταν από τον μητροπολίτη της περιοχής και τους κληρικούς-δασκάλους. Ορισμένοι ακολουθούσαν πιστά τις οδηγίες των αρχών, ενώ άλλοι ρίσκαραν εμπλουτίζοντας την ύλη με αρχαιοελληνική γραμματεία, φιλοσοφία, ιστορία και επιστήμες. Τα κτίρια ήταν συνήθως ανύπαρκτα: τα μαθήματα γίνονταν υπαίθρια, σε ναούς ή σπίτια. Μόνο από τον 17ο-18ο αιώνα, στα μεγάλα αστικά κέντρα, άρχισαν να ιδρύονται πιο οργανωμένες δομές. Ο αριθμός μαθητών ήταν μικρός, μόνο αγόρια –τα κορίτσια αποκλείονταν πλήρως από την εκπαίδευση.
Ο λόγος που η παιδεία περιστράφηκε γύρω από την Εκκλησία δεν ήταν μόνο η άδεια του Πατριαρχείου. Στα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας, οι ιερείς αποτελούσαν τους λιγοστούς εγγράμματους Έλληνες, ενώ τα ιερά βιβλία ήταν τα μοναδικά διαθέσιμα αναγνώσματα. Η κατάσταση άρχισε να αλλάζει με την ίδρυση της Πατριαρχικής Σχολής στην Κωνσταντινούπολη το 1556 και του Ελληνικού Κολλεγίου του Αγίου Αθανασίου στη Ρώμη το 1576, που πρόσφεραν ανώτερη μόρφωση σε όσους είχαν οικονομική δυνατότητα. Πολλοί σπουδαγμένοι προέρχονταν από εύπορες οικογένειες με οικοδιδασκάλους, αλλά στις επαρχίες μέχρι τον 19ο αιώνα ο ρόλος του δασκάλου παρέμενε στους κληρικούς.
Η εισαγωγή σύγχρονων ευρωπαϊκών μεθόδων συχνά προκαλούσε διώξεις. Ακόμα και γύρω στο 1800, δάσκαλοι που δίδασκαν επιστημονικά μαθήματα διώκονταν, καθώς θεωρούνταν απειλή. Παρόμοια περιοριστική πολιτική ίσχυε και για τους μουσουλμάνους, που φοιτούσαν μόνο στους μεντρεσέδες με ύλη εστιασμένη στο Κοράνι. Χαρακτηριστικό είναι το παράδειγμα του Ιμπραήμ Μουτεφερίκα, που το 1726 πήρε άδεια για το πρώτο οθωμανικό τυπογραφείο. Μόλις τύπωσε μη θρησκευτικά βιβλία, οι ιεροδιδάσκαλοι αντέδρασαν έντονα, οδηγώντας στο κλείσιμό του. Χρειάστηκαν 130 χρόνια για να αρθεί η απαγόρευση με το Χάτι Χουμαγιούν του 1856, που τυπικά προέβλεπε θρησκευτική και εκπαιδευτική ελευθερία, αλλά η λογοκρισία συνεχίστηκε.
Ένας βασικός περιορισμός για τους μουσουλμάνους ήταν η απαγόρευση εκμάθησης ξένων γλωσσών, που έγινε πρόβλημα με την αύξηση των διπλωματικών σχέσεων. Έτσι, από τον 17ο αιώνα δημιουργήθηκε ο θεσμός του Δραγουμάνου (μεταφραστή). Οι θέσεις καλύφθηκαν κυρίως από Έλληνες Φαναριώτες, πλούσιους από το Φανάρι με εμπορική και ναυτιλιακή παράδοση. Σύντομα, οι Δραγουμάνοι συμμετείχαν σε διαπραγματεύσεις και επηρέαζαν την εξωτερική πολιτική. Ο Μέγας Δραγουμάνος της Πύλης εξελίχθηκε σε υπουργό εξωτερικών de facto.
Παραδείγματα όπως ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος (πρόγονος του μετέπειτα πρωθυπουργού) δείχνουν πώς χρησιμοποίησαν τη θέση τους. Στη Συνθήκη του Κάρλοβιτς (1699), υπονόμευσε οθωμανικά συμφέροντα αλλά διατήρησε την εμπιστοσύνη του Σουλτάνου. Οι Φαναριώτες ανέβηκαν ιεραρχικά, γίνοντας ηγεμόνες της Μολδοβλαχίας τον 18ο αιώνα (οικογένειες Μαυροκορδάτων, Υψηλάντηδων). Ο Σουλτάνος τους επέλεγε γιατί οι περιουσίες τους στην Κωνσταντινούπολη λειτουργούσαν ως εγγύηση πίστης, συχνά με μεγάλα πεσκέσια.
Παρά τις εγγυήσεις, πολλοί Φαναριώτες συμμαχούσαν κρυφά με Ευρωπαίους. Ο Γρηγόριος Γκίκας, ηγεμόνας Μολδοβλαχίας, παραδόθηκε στους Ρώσους το 1770 και έζησε ως «φιλοξενούμενος» στην Αγία Πετρούπολη, για να επιστρέψει ως ηγεμόνας μετά τη συνθήκη του 1775. Τέτοιες ενέργειες θεωρούνται κομβική αστοχία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, καθώς το «σαμποτάζ» των Φαναριωτών δραγουμάνων κόστισε εδάφη και προετοίμασε την Επανάσταση του 1821. Μετά το 1821, οι Φαναριώτες εκδιώχθηκαν από τις θέσεις και αντικαταστάθηκαν από το νέο Μεταφραστικό Γραφείο (Bab-ı Ali Tercüme Odası).
Η εκπαίδευση και η άνοδος των Φαναριωτών αποκαλύπτουν τις αντιφάσεις της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας: περιορισμοί και καχυποψία, αλλά και εξάρτηση από χριστιανούς διανοούμενους που τελικά συνέβαλαν στην αποδυνάμωσή της.