Σε μια πόλη όπου τα μεγαλύτερα χριστιανικά μνημεία άλλαξαν χρήση και προσαρμόστηκαν στη νέα πραγματικότητα, αυτή η μικρή μονή παρέμεινε ανέπαφη, σαν ένα ήσυχο σύμβολο συνέχειας και αντοχής μέσα από τους αιώνες. Η επιβίωσή της δεν οφείλεται σε τύχη, αλλά σε μια σειρά από ιστορικές συγκυρίες και, κυρίως, στη δυναμική προσωπικότητα της γυναίκας που την ίδρυσε.
Η ιστορία της μονής συνδέεται άρρηκτα με την Μαρία Παλαιολογίνα, κόρη του βυζαντινού αυτοκράτορα Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγου. Ως νόθα κόρη χωρίς ισχυρά δικαιώματα διαδοχής, η Μαρία βρέθηκε από νωρίς στο επίκεντρο της διπλωματίας της εποχής. Σε ηλικία μόλις δεκαεπτά ετών, ο πατέρας της την έστειλε ως σύζυγο στον Μογγόλο ηγεμόνα Αμπάκα Χαν, στο πλαίσιο μιας στρατηγικής συμμαχίας με τους Ιλχανίδες.
Η νεαρή πριγκίπισσα βρέθηκε ξαφνικά σε έναν εντελώς διαφορετικό κόσμο, όπου κυριαρχούσαν η στρατιωτική ισχύς και οι αυστηροί κώδικες εξουσίας. Παρά τις δυσκολίες, η Μαρία κατάφερε να κερδίσει σεβασμό και επιρροή. Αναγνωρίστηκε ως προστάτιδα των χριστιανών της περιοχής και έγινε γνωστή με τον τίτλο «Ντεσπίνα Χατούν». Δεν εγκατέλειψε ποτέ την ορθόδοξη πίστη της. Αντίθετα, δημιούργησε χώρους λατρείας, πρόσφερε καταφύγιο σε εμπόρους, αιχμαλώτους και διωκόμενους, και λειτούργησε ως γέφυρα ανάμεσα στον βυζαντινό και τον μογγολικό κόσμο.
Μετά τον θάνατο του Αμπάκα και τις πολιτικές αναταραχές που ακολούθησαν, η θέση της αποδυναμώθηκε. Ύστερα από περίπου δεκαπέντε χρόνια στην Ανατολή, επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη βαθιά αλλαγμένη. Η αυλή των Παλαιολόγων δεν την υποδέχτηκε με ενθουσιασμό, καθώς δεν ήταν πλέον πολιτικά χρήσιμη. Αντί να εμπλακεί ξανά στα παιχνίδια εξουσίας, η Μαρία επέλεξε την απομόνωση. Ίδρυσε τη μονή της Παναγίας των Μογγόλων, εκάρη μοναχή με το όνομα Μελάνη και έκλεισε εκεί τον κύκλο της ζωής της.
Η προστασία που είχε εξασφαλίσει η ιδρύτρια από τους Μογγόλους ηγεμόνες, μαζί με τα ειδικά προνόμια που κατοχυρώθηκαν ήδη από τα βυζαντινά χρόνια, δημιούργησαν ένα ιδιαίτερο καθεστώς ασυλίας. Έτσι, ακόμα και μετά το 1453, η εκκλησία συνέχισε να χτυπά τις καμπάνες της, να τελεί λειτουργίες και να αποτελεί σημείο αναφοράς για τη ρωμαίικη κοινότητα της Πόλης.
Η Παναγία η Μουχλιώτισσα δεν είναι απλώς ένα αρχιτεκτονικό μνημείο. Είναι ένα ζωντανό αρχείο μνήμης που κουβαλά τη βιογραφία μιας γυναίκας και ολόκληρης μιας εποχής. Ενώ αυτοκρατορίες κατέρρευσαν και πληθυσμοί μετακινήθηκαν, αυτή η μικρή μονή παρέμεινε σταθερή, σιωπηλή μαρτυρία της δύναμης που μπορεί να ασκηθεί χωρίς θόρυβο και χωρίς προδοσία του εαυτού.
Η Μαρία Παλαιολογίνα δεν άφησε πίσω της κατακτήσεις ή διατάγματα, αλλά κάτι πολύ πιο ανθεκτικό: έναν χώρο πίστης και συνέχειας που άντεξε εκεί όπου όλα τα άλλα γύρω κατέρρευσαν. Σήμερα, η Παναγία των Μογγόλων συνεχίζει να στέκει στο Φανάρι, υπενθυμίζοντας ότι η πραγματική δύναμη συχνά κρύβεται πίσω από την ησυχία και την επιμονή.